Сохранились прошения из приходов на имя епископа Иоанна, переданные им в «подкомиссию по изъятию, с просьбой вернуть хотя бы самое необходимое для отправления обрядов» (Государственный архив Липецкой области). В начале сентября 1922 г. Воронежский архиепископ Тихон (Василевский) предложил своим викариям, включая епископа Задонского, перейти в обновленчество, что и было выполнено. Епископ Иоанн созвал благочиннический съезд духовенства, на котором было образовано обновленческое окружное управление. В докладе Секретного отдела ГПУ от 14 сентября 1922 г. говорилось, что «в Задонске образовалась группа “Живая церковь”. Во главе её встал местный епископ Иоанн. Группой выпущены воззвания к верующим. 13 июля 1923 г. состоялось окружное собрание духовенства. Съезд постановил присоединиться к группе “Живая церковь”». К обновленцам, в руках которых оказался задонский Рождество-Богородицкий монастырь, где находились мощи Тихона Задонского, горожане относились настороженно; Свято-Владимирский собор монастыря задонцы посещали лишь для того, чтобы приложиться к святыне и участвовать в выносе раки с мощами святителя. В 1923 г. при храмах закрытой обители образовалась «тихоновская» (каноническая) община («задонское тихоновское религиозное общество»), но обновленцы не позволили ей занять ни один из шести числившихся за ними монастырских храмов, притом что, как свидетельствуют документы, раскольники использовали только один храм, остальные пустовали (Государственный архив Липецкой области). Несмотря на неоднократные просьбы верующих, до 25 сентября 1925 г. почти все приходские и большинство монастырских храмов Задонска оставались в руках обновленцев. Верующие, основная часть которых не присоединилась к расколу, посещали богослужения в задонском Тихоновском во имя Святой троицы (Скорбященском) монастыре. В заявлении председателя православной общины Т. Артёмова от 26 октября 1925 г. о выделении православным храма говорилось о многочисленности православной общины и о законности её существования, об отсутствии «какого бы то ни было общества при Задонском церковном управлении (обновленческом), без которого храм как таковой по закону соввласти открыт быть не может», о «совершенной непосещаемости» обновленческих служб, об отсутствии у раскольнических церквей дохода, что «сильно отражается на материальной стороне зданий» (Государственный архив Липецкой области). Настоятель Рождество-Богородицкого монастыря архимандрит Никандр (Стуров), с 1925 г. исполнявший обязанности приходского священника в храме в селе Верхнее Казачье, направлял на приходы, занятые обновленцами, монахов (Государственный архив Липецкой области). Как показывал позднее на следствии игумен Нафанаил (Панин), «причиной посылки на приходы меня и других иеромонахов послужило то обстоятельство, что приходы не принимали красных обновленческих священников» (Государственный архив Липецкой области).