Несмотря на обращение верующих (18 января 1920 г.) с просьбой об открытии обители, решением уездного исполкома от 24 января Задонский монастырь был окончательно закрыт, монахини выселялись (Государственный архив Липецкой области). На новое прошение «коллектива молящихся» от 25 февраля с просьбой открыть домовую церковь последовала резолюция: «Ввиду ликвидации отказать» (Государственный архив Липецкой области). На территории Задонского монастыря власти дополнительно разместили больницу для красноармейцев, в Скорбященском храме – клуб и столовую «уженотдела» (Государственный архив Липецкой области). В 1922 г. в Задонске происходило изъятие церковных ценностей. 25 марта член подкомиссии по изъятию ценностей сдал в Воронежский губфинотдел конфискованные у Задонского монастыря «4 ризы с икон, три столовых ложки, 1 ломаную лампаду, 13 пластин, 2 яичка, 1 венчик от иконы весом 1 фунт 87 золотн.» (Государственный архив Воронежской области). 11 апреля 1922 г. на заседании Задонского УИК у «Скорбященского женского монастыря» решено было изъять 18 икон, пять лампад, кадило, три Евангелия в оправе, серебряные кресты и др. Всего 12 апреля было изъято 13 фунтов 87 золотников серебра. Насельницам оставили лишь сосуд, два креста и два Евангелия. Богослужения продолжали совершаться в Троицкой церкви, которая стала духовным центром Задонска. После того как осенью 1922 г. викарий Воронежской епархии епископ Задонский Иоанн (Болховитинов) примкнул к обновленцам, насельники задонского Богородицкого монастыря, оставшиеся верными Всероссийскому патриарху Тихону (Беллавину), могли совершать богослужения лишь в Троицкой церкви. За этим храмом с 1923 г. был закреплён иеродиакон Иларион. По воспоминаниям задонского старожила А.Г. Дмитриева, во Владимирский собор верующие приходили для того, чтобы приложиться к святыням и поучаствовать в выносе раки с мощами святого, а на праздничные богослужения собирались в Никольской церкви или в Троицком храме бывшего монастыря. Насельницы Задонского монастыря, как и большинство из задонского монашества, поддержали управлявшего Воронежской епархией епископа Алексия (Буя), осудившего «Декларацию» 1927 г. Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского). Епископ Алексий неоднократно посещал Задонский монастырь. 17 апреля 1929 г. Троицкий храм (ошибочно названный в некоторых документах Скорбященским) значился как приходский. В 1929 г. служивший при храме Иларион вместе с монахиней Смарагдой и группой насельников задонского Богородицкого монастыря был осужден на пять лет лагерей с конфискацией имущества. О репрессивных мерах по отношению к другим насельницам исследователям неизвестно. После 11 июня 1929 г. Троицкий храм был закрыт. С 1938 г. на территории Задонского монастыря находился детский дом «Комсомолец». В 1941–1942 гг. из-за близости фронта была разобрана до нижнего яруса колокольня. В 1950–1960 гг. в монастырских постройках, включая остатки колокольни, разместились городской хлебокомбинат, квартиры, в Троицкой церкви – склад. В начале 1972 г. решением Липецкого облисполкома Троицкий храм был отремонтирован, открыт для богослужений и стал называться соборным приходским храмом Задонска.