Со временем в общине были устроены богадельня, церковноприходская школа, рукодельный класс. Отчёт 1887 г. наместника Богородицкого монастыря архимандрита Прокопия, осуществлявшего надзор за жизнедеятельностью 140 странноприимниц, свидетельствует: «Тихоновская женская община ничем не отстаёт в образе монастырской жизни от других, более давних монастырей Воронежской епархии». Решением Синода от 3 мая 1888 г. община была преобразована в «Свято-Троицкий Тихоновский женский монастырь со странноприимным при нём домом». Открытие обители состоялось 19 июня 1888 г., епископ Воронежский и Задонский Вениамин (Смирнов) в сослужении архимандрита Прокопия и др. совершил праздничную Божественную литургию. В 1891 г. в Задонском монастыре проживали 26 монахинь и 118 послушниц, в 1901 г. – 50 монахинь, 54 послушницы «по указу» и 79 находящихся на испытании. В сентябре 1901 г. по собственному прошению игуменья Порфирия была уволена на покой с проживанием в Задонском монастыре. Новой настоятельницей стала попечительница женской монастырской церковноприходской школы монахиня Ангелина (Артёмова), которой пожилая игуменья помогала в руководстве обителью до своей кончины в 1906 г. Принявшая схиму игуменья Порфирия была похоронена в усыпальнице при Скорбященской церкви рядом с монахиней Марией (Поповой) и протоиереем Петром Алексеевским. 26 мая 1903 г. монахиня Ангелина была возведена в сан игуменьи. После её кончины (9 июня 1904 г.; похоронена с юго-восточной стороны Троицкого собора) новой настоятельницей 10 сентября 1904 г. была утверждена монахиня Виталия. При ней в 1908 г. в Задонском монастыре проживали 51 монахиня и 128 послушниц, духовником являлся иеромонах Нафанаил (в начале 1920 гг. – наместник задонского Богородицкого мужского монастыря). В 1910 г. в Задонском монастыре проживали 49 монахинь и 161 послушница, к 1914 г. число послушниц сократилось до 148. В 1822 г. некий задонский купец предоставил сёстрам нижний этаж своего дома под странноприимный корпус. В нём в августе 1860 г. архиепископ Иосиф освятил церковь в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость». «Здание имело в длину 45,5 аршина, в ширину 12 аршин, высоту до карниза – 9,5 аршина. В стенах было шесть окон больших и 14 малых... Храм отапливался тремя печами, облицованными белым кафелем» (Российский государственный исторический архив). С северной стороны к церкви примыкал двухэтажный корпус. Собор во имя Святой Троицы был заложен 1 июля 1884 г., освящён 12 августа 1897 г. архиепископом Воронежским и Задонским Анастасием (Добрадиным); правый Успенский придел собора освящён 14 августа того же года, левый придел во имя Всех святых – 28 мая 1898 г. Собор, возведённый по проекту воронежского губернского архитектора Александра Антоновича Кюи, представляет собой типичный пятишатровый храм в так называемом русском стиле, имеет в плане форму креста. Согласно страховой оценке 1910 г., Троицкий храм «был покрыт железом и окрашен зелёной масляной краской, главы покрыты белой жестью и увенчаны вызолоченными крестами из красной меди. Полностью вызолоченный иконостас главного престола имел размеры: ширина 11,5 аршина, высота пяти ярусов 18 аршин» (Российский государственный исторический архив). Иконостас выполнил Николай Михайлович Сафонов «во фряжском стиле, на липовых досках, на золотом чеканном фоне, с эмалевыми каёмками»; с трёх сторон к собору примыкали каменные паперти.