Иеромонах Геронтий (Кургановский) не соглашался с утверждением о первоначальном местонахождении обители под горой, близ св. источника, поскольку крутой склон горы и сырость от речки Тёшевки считались «неудобными» для основания монастыря. Документы, подтверждающие первоначальное основание Задонского монастыря  у подошвы горы, близ колодца, не сохранились, но приводимые архимандритом Досифеем сведения позволяют исследователям рассматривать данную гипотезу как вполне вероятную. Так, архимандрит Досифей описывает источник «приснотекущий здравых чистых вод», которые и «составляли течение небольшой речки Тёшевки». Близ «оной при подошве горы положили основание вышереченные старцы своему безмолвному жительству». Далее, описывая деятельность игумена Евсевия (XVIII в.), архимандрит Досифей сообщает, что новая соборная церковь монастыря «окончена была им строением в 1741 году, на горе выше прежней на север, в то же наименование… А на месте том, где прежде существовала деревянная церковь, над источником в незабвенную ея память устроил молитвенный храм (часовню), с устроением внутри онаго и поныне существующаго кладезя». Итак, Задонский монастырь был основан в период, указанный Геронтием и С.Н. Введенским, т.е. от 1610 до 1615 гг., а вопрос о первоначальном местоположении Задонского монастыря  остаётся открытым и требует дальнейшего исследования. Как полагают исследователи, в 1616 г. Задонский монастырь подвергся набегу «басурман». В «расспросных речах» 1624 г. поп Леонтий свидетельствовал, что, будучи ещё мирянином, был взят в плен ногайцами в Задонском монастыре Елецкого уезда за восемь лет до этого. В 1628 г. Задонский монастырь оставался без игумена. Обитель находилась в ведении Рязанских архиереев, в 1682 г. перешла в подчинение новообразованной Воронежской епархии. По мнению исследователей, при игумене Прохоре после 1632 г. в Задонском монастыре «учреждаются начала общежительного уклада». 29 апреля 1764 г. Задонский монастырь был отнесён к третьему классу, 3 февраля 1851 г. возведён в первый класс без увеличения содержания из казны. В 1798 г. в монастыре учреждается архимандрития. В 1657–1658 гг. в Задонском монастыре проживало 12 человек, в 1690 гг. – игумен, четыре иеромонаха, 15 монахов и три трудника, к 1741 г. – десять монашествующих и три бельца, в 1838 г. – 29 монашествующих, в 1840 г. – 34, в 1849 г. – 90, в 1865 г. – 109 монашествующих, к концу 1870 гг. – 121 насельник, в 1911 г. – 88 монашествующих и 60 послушников, в 1917 г. – 131 насельник, включая 81 монашествующего и 50 послушников. Поселившийся в Задонском монастыре в 1768 г. Тихон Задонский написал здесь главные духовные сочинения; почитался как многоопытный старец, который помогал нуждающимся и духовными советами, и материально. 25 декабря 1779 г. Тихон Задонский удалился в затвор, скончался 13 августа 1783 г., был погребён в монастыре под алтарём Владимирского собора. В мае 1846 г. при участии Антония (Смирницкого) состоялось негласное обретение мощей святителя Тихона. После многолетней переписки Воронежских архиереев с императором, обер-прокурорами Синода, Московским митрополитом Филаретом (Дроздовым) 19 мая 1860 г. состоялось освидетельствование мощей и 13 августа 1861 г. – прославление святителя. В тёплое время года мощи открыто почивали во Владимирском соборе, а с 5 октября по 1 мая – в зимней церкви в честь Рождества Пресвятой Богородицы.