Изменения в государственной и церковной жизни России эпохи императора Петра I затронули Зачатьевский монастырь, экономическое состояние которого на рубеже XVII и XVIII вв. стало незавидным. Основным источником существования была царская руга, которую жаловали только игуменьи с сёстрами, но не церковному клиру («…попом с причетники руги не давать, а кормитца им церковником прихоцкими людми»). В приходе Зачатьевского монастыря тогда насчитывалось только 28 дворов из прежних 150, вскоре их число сократилось до 24. По царскому указу от 11 июля 1700 г. вся руга Зачатьевского монастыря была заменена землями в Ряжске из отписных поместий окольничего князя Семёна Романовича Пожарского. Право на земли монастырской слободы было также оставлено за Зачатьевским монастырём, но доля поступлений с её дворов продолжала падать. В прошении 1716 г. описано положение Зачатьевского монастыря как самое бедственное: «…Заплатить нечем, монастырь самой скудной и кормимся мирским поданиям; а руги вашего царского денежного жалованья нам не определено и пребываем в великой скудости и никогда такой доимки заплатить не можем; и сколько нас на правеже бить не будут, заплатить нам нечево», – писала игуменья Анна (Ларионова) с сёстрами, объясняя это тем, что жители «от талой воды, и от постою, и от пожаров пошли и дворы свои покинули, а некоторые остальные живут и те платят с той земли мостовые деньги и постой ставят же, а в прошлых годах платежей с них не бывало…». С начала XVIII в. на участках, принадлежавших Зачатьевскому монастырю, начали строить каменные здания; часть их сохранилась в перестроенном виде: палаты Киреевских (ул. Остоженка, 19, стр. 2), дом Бухвостова (второй Зачатьевский пер., 5/23), дом Окуловой (третий Зачатьевский пер., 5). После указа о возможности покупки и продажи монастырских земель трудности усугубились: пустующие земли стали скупать купцы, чиновники, разбогатевшие цеховые. Зачатьевский монастырь утратил общежительный устав: насельницы жили на жалованье из казны, на семейные капиталы или средства благотворителей; начали селиться так называемые белицы, в большинстве из дворянских родов, жившие в том числе на средства, вырученные от продажи рукоделия. Среди рукоделий были широко распространены прядение (в 1722 г. с прядильного двора были разосланы мастерицы с инструментами для обучения монахинь прядильному искусству), вязание, плетение кружев, шитьё парадного платья и шитьё золотом. Уже к концу 1720 гг. и особенно в правление Анны Иоанновны (1730–1740 гг.) состояние дел улучшилось, перепись населения Москвы 1738 г. фиксирует на землях Зачатьевского монастыря  109 дворов. В 1763 г. по описи прапорщика Ф. Павлова (Российский государственный архив древних актов) на монастырских землях насчитывалось 68 домов, вишнёвый сад, два огорода и пустошь вдоль реки, дававшие вместе 115 руб. 60 коп. оброка в год.