После польско-литовского разорения (1611 г.) Зачатьевский монастырь был восстановлен и в 1623 г. по челобитной игуменьи Евфросинии с сёстрами получил от царя Михаила Фёдоровича государеву жалованную грамоту. Архивные материалы по истории Зачатьевского монастыря с ХVII–XVIII вв. до настоящего времени не являлись предметом специального изучения, в связи с чем информация по этому периоду носит фрагментарный характер. При создании Зачатьевского монастыря в начале 1580 гг., когда он, согласно жалованной грамоте 1623 г., получил вотчину, документы на владение обителью остались у Алексиевского монастыря в Чертолье. При переводе Алексиевского монастыря в Белый город его земли остались за ним (кроме полученной по духовной князя Михаила Андреевича деревни Нижнее с угодьями, к 1560 г. они включали село Татариновское в Манатьином стане Московского уезда). Вопрос отсутствия сельскохозяйственных угодий у Зачатьевского монастыря в XVII в. останется нерешённым. Из земельных владений Зачатьевский монастырь располагал только городской слободой. Первое упоминание о ней как о слободе Алексиевского монастыря в списке владений, не включённых в опричнину, может относиться именно к слободе на Остоженке: «Повеле же и на посаде улицы взятии в опришнину от Москвы реки: Чертолскую улицу и з Семчиньским селцом и до всполья, да Арбацкую улицу по обе стороны и с Сивцовым Врагом и до Дорогомиловского всполия, да до Никицкой улицы половину улицы, от города едучи левою стороною и до всполия, опричь Новинского монастыря и Савинского монастыря слобод и опричь Дорогомиловские слободы и до Нового Девича монастыря и Алексеевского монастыря слободы» (Полное собрание русских летописей). Согласно жалованной грамоте 1623 г., в 1580 гг. Зачатьевский монастырь получал ругу; в той же грамоте описаны размеры различных выдач в 1620 гг. Игуменьи и живущим на монастырской земле бобылям дано было также право варить для своего употребления пиво, вино и мёд («пивная явка»). В 1677 г. документы фиксируют точные размеры выдач клиру Зачатьевского монастыря «жалованья столовых и ужинных и молебных денег», в то время как насельницы во главе с игуменьей Зачатьевского монастыря получали жалованье припасами. Грамота 1623 г. утвердила права Зачатьевского монастыря на окружавшие его дворы и повинности их жителей: «Да у них же на монастырской земле слободка, а живут в ней бобылки а емлет де она (игуменья) с тех бобылок в монастырь оброку за земли с сажени по десять денег… И тем их людем наших никаких податей не давати и с тяглыми людьми с соцкими и з десяцкими не тянути ни во что ни в какие проторы и в разметы».