Исследователи находят примечательным, что в Алексиевской обители в Чертолье также существовал придел с освящением в честь Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы, что может указывать на единое происхождение обоих престолов от древнего Алексиевского монастыря. Первое упоминание Зачатьевского монастыря встречается под 1585 г.: 27 июня в обитель был выдан ладан «на освещенья церкви Рожества Святыя Богородицы в девичь что за Земленым городом» (Земляной город проходил тогда по линии будущего Белого города), а при выдаче через месяц (27 июля) монастырь назван «новым девичьим» («в Зачатейской в новой девич монастырь» – Российский государственный архив древних актов). Очевидно, к лету 1585 г. в Зачатьевском монастыре было освящено пять престолов: два главных (Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы, Рождества Пресвятой Богородицы) и три придельных (Феодора Стратилата, великомученицы Ирины, святителя Алексия, митрополита Московского). С этого времени источники фиксируют оформление в Зачатьевском монастыре местного почитания предполагаемых основательниц Алексиевского монастыря игуменьи Иулиании и монахини Евпраксии. Впервые их имена включены в список местночтимых святых, составленный архимандритом Леонидом (Кавелиным), и в «Полный месяцеслов Востока» архиепископа Сергия (Спасского). По благословению игуменьи Калерии (1864–1881 гг.) с 1864 по 1909 гг. послушницей Зосимой велась запись сказаний о чудесах и явлениях преподобных Иулиании и Евпраксии (составлено 70 сказаний, и приведена молитва). 24 июня 2008 г. на архиерейском Соборе основательницы обители были причислены к лику общецерковных святых. В 1611 г. Зачатьевский монастырь и слобода были сожжены («Литовские ж люди, выехав из города, зажгоша за Олексеевскою башнею Илью Пророка и Зачатейский монастырь, потом же и Деревянный город зажгоша за Москвою рекою» – Полное собрание русских летописей). В сражении за Москву 24 августа 1612 г. близ Зачатьевского монастыря стояли войска Дмитрия Михайловича Пожарского («Князь Дмитрий же Михайлович с своей стороны ста у Москвы реки, у Ильи Пророка Обыденного, а воевод кои с ним приидоша из Ярославля поставише где был деревянный город в рву», атаковал поляков и взял приступом укрепление у Арбатских ворот). Позже в Зачатьевском монастыре приняли постриг сестра Кузьмы Минина («Выдано 19 апреля Зачатейского Девича монастыря старице Софье, Кузьмине сестре Минина для её бедности, в приказе 5 рублёв») и старица Феофила Ляпунова (родственница Прокопия Ляпунова (?), упоминается в Книгах выдачи ладана Патриаршего приказа в 1618–1623 гг. – Российский государственный архив древних актов).