После аннексии Боснии и Герцеговины Австро-Венгрией (1878 г.) Герцеговинская епархия в 1880 г. перешла из-под юрисдикции Константинополя в состав подконтрольной австрийским властям Карловацкой митрополии. Против этого безуспешно протестовал митрополит Игнатий. В 1888 г. он был отправлен на покой. Епархия объединяла следующие срезы (уезды): Мостар, Любушки, Столац, Любине, Требине, Билеча, Гацко, Невесине, Кониц, Фоча, Чайниче и Жупаняц. После ухода митрополита Игнатия кафедру возглавляли епископы-сербы: Леонтий (Радулович; 1888 г.), Серафим (Перович; 1889–1903 гг.) и Пётр (Зимонич; 1903–1920 гг.). Власти разрешали сербам занимать высокие церковные должности, но стремились обратить православное население империи в католичество. Сербские иерархи активно выступали против церковной политики властей и в 1905 г. добились предоставления сербам церковно-образовательной автономии. После окончания Первой мировой войны и образования Королевства сербов, хорватов и словенцев Захумско-Герцеговинская и Приморская епархия в 1920 г. вошла в состав СПЦ. В 1931 г. кафедра занимала третье место в списке епархий СПЦ и охватывала следующие области: Мостар, Билеча, Гацко, Невесине, Столац и Требине, Меткович, Дубровник и остров Корчула. Епархией управляли: Иоанн (Илич; 1926–1931 гг.), Симеона (Станкович; 1932–1934 гг.), Тихон (Радованович; 1934–1939 гг.). Во время Второй мировой войны одна церковь была разрушена (18 пострадали), пять приходских домов было уничтожено (четыре пострадало), 12 церковных библиотек и 21 архив были уничтожены, епископ Николай (Йоканович; 1940–1943 гг.) был изгнан из епархии усташами. После митрополита Лонгина (Томича; 1951–1955 гг.) епархией почти сорок лет управлял митрополит Владислав (Митрович; 1955–1992 гг.), при котором церковная жизнь была обновлена, восстановлены многие церкви. В ходе вооружённого конфликта 1991–1995 гг. на территории епархии было уничтожено 36 и повреждено 28 церквей, монастырь Житомислич был взорван, монастырь Завала сильно пострадал от обстрелов. В 1992 г. в Мостаре был разрушен кафедральный собор Святой Троицы, и кафедра была перенесена в монастырь Тврдош. В Дубровнике епископский двор был взорван, а в сентябре 1996 г. в соборный храм была брошена бомба. В 1992 г. на кафедру был избран епископ Афанасий (Евтич), который занимался восстановление церковной жизни в епархии до 1999 г., когда главой Захумско-Герцеговинской и Приморской епархии стал епископ Григорий. При нём были полностью обновлены монастыри Житомислич, Завала и многие храмы, а также построены новые церкви и монастырь Грачаница.ф