Имея в виду разрабатываемые Собором проекты преобразований и нежелание некоторых соборян реагировать на уже начавшуюся государственную разруху, он сказал: «Похоже на то, как если бы в руках строителей какого-либо здания кипела работа по изготовлению чертежей, проектов и так далее для наилучшего сооружения, и они спокойно смотрели бы в то же время, как кирпич за кирпичом вражеской рукой это же здание разрушается». В 1919 г. и в декабре 1921 г. А.А. Хотовицкий ненадолго подвергался арестам по обвинению в нарушении декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви», в преподавании Закона Божия детям. В связи с кампанией по изъятию церковных ценностей собирал в храме Христа Спасителя средства для голодающих, одновременно стараясь сохранить святыни собора. На квартире А.А. Хотовицкого проводились заседания клириков и прихожан храма. Он был составителем проекта резолюции приходского собрания по вопросу об изъятии церковных ценностей, в резолюции от властей требовались гарантии, что все пожертвования будут употреблены на спасение голодающих. Власти расценили составление этого документа как контрреволюционное деяние. А.А. Хотовицкий был одним из главных обвиняемых на открывшемся 27 ноября 1922 г. втором московском процессе против духовенства и мирян. Виновным себя не признал, на допросе защищал других обвиняемых. Обвинитель Андрей Януарьевич Вышинский просил суд приговорить 13 обвиняемых, и среди них А.А. Хотовицкого, к смертной казни. 13 декабря А.А. Хотовицкий был осуждён Московским ревтрибуналом, приговорён к десяти годам лишения свободы с конфискацией имущества. После освобождения патриарха Тихона из-под домашнего ареста и издания им заявлений о лояльности гражданским властям, в октябре 1923 г., А.А. Хотовицкий был освобождён. 4 сентября 1924 г. начальником шестого отдела ОГПУ Евгением Александровичем Тучковым был составлен список церковных деятелей Москвы из 13 человек, рекомендованных к административной ссылке, в этот список включён и А.А. Хотовицкий. Особым совещанием ОГПУ он был осуждён на поселение в Туруханском крае сроком на три года, ссылку отбывал на Ангаре. Пребывание на Севере подорвало его здоровье. После возвращения из ссылки в Москву в 1928 г. А.А. Хотовицкий в сане протопресвитера стал ближайшим помощником Заместителя Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского). В 1930 гг. служил настоятелем храма Ризположения на Донской улице в Москве. Летом 1937 г. вновь был арестован и вскоре расстрелян. Архиерейским Собором РПЦ 1994 г. причислен к лику святых. Литературное наследие А.А. Хотовицкого составляют проповеди, богословские работы, стихи, а также статьи, посвящённые церковноприходской жизни Америки. Материалы, связанные с А.А. Хотовицким, хранятся в Аляскинском церковном архиве в Библиотеке Конгресса (Alaskan Russian Church Archives, Manuscript Division; Library of Congress, Washington), в архиве Православной Церкви в Америке (Orthodox Church in America Archives, Syosset, N. Y.), в Архивах американцев русского происхождения в Миннесоте (Archives of Americans of Russian Descent in Minnesota, Minneapolis).