В первой и наиболее значительной его части, озаглавленной «О причинах упадка искусств» («De causis corruptarum artium»), Х.Л. Вивес, выдвигая задачу установления прочных оснований культуры, нарисовал картину тотальной деградации наук и всякого рода навыков, критически отзывался не только о том, что оставила средневековая учёность, но и о том, что завещали античные мыслители, отвергал принципы современной ему грамматики, диалектики (т.е. логики), риторики, натурфилософии, этики, правоведения. Во второй части, озаглавленной «О преподавании наук, или О христианском учении» («De tradendis disciplinis sive de Doctrina Christiana»), Х.Л. Вивес, разрабатывая основы образования, полагал необходимым с уважением относиться к индивидуальным особенностям человека, склонностям его характера; целью образования он называл благочестие (pietas), тем не менее, предпочтение отдавал светской школе, подчёркивал роль окружения (семьи, учебного заведения, наставника) в воспитании ученика; в отличие от Эразма Роттердамского и других гуманистов большое значение в педагогическом процессе Х.Л. Вивес придавал обучению ребёнка на родном для него языке. Третья часть называлась «Об искусствах» («De artibus»), в ней собраны трактаты по различным философским наукам, прежде всего, гносеологии. Сугубо педагогические темы рассмотрены в трактатах «О приёмах воспитания детей» («De ratione studii puerilis», 1523 г.) и «О воспитании христианки» («De institutione feminae christianae», 1529 г.); последний посвящён Екатерине Арагонской; в нём Х.Л. Вивес указывал на образование как на средство привить девочке добродетели, подобающие её полу, описывал правила поведения, коими она должна руководствоваться в юном возрасте, в замужестве и став вдовой. Большую популярность Х.Л. Вивесу снискала «Практика латинского языка» («Linguae latinae Exercitationes», 1538 г.), сочинение, выдержавшее за полстолетия до полусотни изданий, исследующее помимо правил латинской грамматики различные проблемы этики и педагогики. Особый трактат «Риторика, или О приёмах словесного выражения» («Rhetoricae sive de ratione dicendi libri tres», 1537 г.) посвящён речи как главнейшей «связующей силе человеческого общежития», в нём намечена программа совершенствования языка во всех областях, где он находит применение. В работе «О душе и жизни» («De anima et vita», 1538 г.) не только рассмотрена широко обсуждавшаяся в то время тема бессмертия души, но и обосновывалась идея важности эмпирических наблюдений за состояниями и явлениями психической жизни людей. Актуальная социальная проблема нищенства получила разработку в сочинении «О вспомоществовании бедным» («De subventione pauperorum», 1525 г.). В последние годы Х.Л. Вивес работал над апологетическим сочинением «Об истинности христианской веры» («De veritate fidei Christianae»), которое завершить не успел. Х.Л. Вивес издавал античных авторов, переводил речи Сократа, писал пояснения и вступительные статьи к Вергилию, Светонию, Цицерону, составил комментарий на «Град Божий» Августина Блаженного (в 1584 г. этот труд был занесён в «Индекс запрещённых книг»). Во второй половине XVI в. Х.Л. Вивес стал одним из самых читаемых писателей-гуманистов Европы.