26 апреля 1868 г. настоятелем стал иеромонах Иоанн (Корионов), в числе первоначальной братии прибывший в монастырь Воскресения Господня из Юрюзанского скита. 10 марта 1876 г. он был возведён в сан игумена, 1 мая 1901 г. – в сан архимандрита. Собирая средства для благоустройства обители, иеромонах Иоанн объездил 18 губерний. В 1891 г. в монастыре был заложен, 30 июня 1901 г. освящён каменный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. В 1897 г. сгорела Воскресенская церковь. В конце XIX в. в монастыре Воскресения Господня помимо игумена Иоанна жили пять монахов. Положение обители улучшилось в 1900–1902 гг. при епископе Антонии (Храповицком), который считал единоверие важной частью миссионерской деятельности. В начале XX в. монастырь Воскресения Господня стал духовным центром уральского единоверия, его насельники назначались настоятелями единоверческих монастырей в других епархиях, например, игумен Филарет (Тайдаков), являвшийся настоятелем единоверческих монастырей, Покровского в Черниговской епархии, затем Керженского в Нижегородской епархии. После издания императорского указа «Об укреплении начал веротерпимости» (17 апреля 1905 г.) братия монастыря Воскресения Господня вместе с другими единоверческими общинами России поддержала ходатайство петербургских единоверцев о даровании единоверцам епископа, в качестве возможной кандидатуры был назван епископ Антоний (Храповицкий). Проект не был реализован. В 1912 г. настоятелем монастыря Воскресения Господня стал иеромонах Палладий, участвовавший в работе первого Всероссийского единоверческого съезда (Санкт-Петербург, январь 1912 г.). С февраля 1913 г. монастырь Воскресения Господня возглавлял игумен Антоний (Миловидов; впоследствии епископ Омский). В июле 1917 г. игумен Антоний участвовал в работе второго Всероссийского единоверческого съезда (Нижний Новгород), избравшего делегатов от единоверцев на Всероссийский поместный Собор, а также в Совет всероссийских съездов православных старообрядцев – высший руководящий орган единоверцев; игумен Антоний был избран кандидатом в члены Совета от духовенства. Расцвет монастыря Воскресения Господня в 1914–1917 гг. связан с пребыванием на Уфимской кафедре епископа Андрея (Ухтомского), который рукоположил для монастыря двух священников и трёх иеродиаконов, благословил совершить постриг 14 человек в иночество и двух иноков в схиму. Епископ Андрей благословил построить в обители каменный Воскресенский храм «в память павших за величие и славу славянского народа воинов», освящённый после 1917 г., а также каменную часовню при станции Бердяуш Самаро-Златоустовской железной дороги.