Арестованный в 1924 г. по обвинению в сокрытии монастырских ценностей, епископ Кирилл отбывал срок в исправительно-трудовом лагере в Вологодской губернии и после освобождения в 1927 г. вернулся в обитель. В июле 1928 г. в Александро-Невской лавре он был пострижен иосифлянским епископом Стефаном (Бехом) в схиму с именем Макарий, ушёл на покой и жил в монастыре Воскресения Господня. 17 февраля 1932 г. по обвинению в контрреволюционной деятельности вся братия монастыря (около сорока человек) была арестована. Коллегия ОГПУ 22 марта 1932 г. приговорила иноков к различным срокам лишения свободы, в том числе Макария, его келейника иеродиакона Вукола (Николаева) и ризничего иеромонаха Афиногена (Агапова; ум. 24 июня 1979 г.) к трём годам ссылки. С февраля 1932 г. в храмах монастыря и Крестовоздвиженской церкви на подворье в Любани службы не совершались. 21 февраля собравшиеся на общегородской митинг жители Любани постановили ликвидировать монастырское подворье и передать помещения под «культурное учреждение». Решением Леноблисполкома от 10 мая 1932 г. храмы монастыря Воскресения Господня были закрыты, корпуса обители переданы под отделение Свирьского лагеря. В 1935 г. освободившаяся из заключения часть братии поселилась недалеко от монастыря Воскресения Господня, схиепископ Макарий нелегально жил в районе Чудово и Любани, совершал тайные постриги и священнические хиротонии. После оккупации Новгорода немецкими войсками в 1941 г. схиепископ вместе с келейником перебрался в Псково-Печерский монастырь. В ночь на 1 апреля 1944 г. при бомбардировке Петсери (ныне Печоры) советской авиацией он был убит в своей келье. Около 1944 г. ещё пять бывших насельников монастыря Воскресения Господня поселились в Псково-Печерской обители, в том числе иеромонах Афиноген (Агапов), служивший с 1945 г. ризничим и казначеем, с 1960 г. – братским духовником, с 1968 г.— в сане архимандрита. До 1941 г. помещения монастыря Воскресения Господня занимал инвалидный дом, проживавшие в котором люди (около 300 человек) в годы немецкой оккупации были расстреляны захватчиками. В 1942 г., когда линия фронта проходила у стен монастыря, фашисты устроили здесь опорный пункт. При обстреле его советской артиллерией постройки монастыря Воскресения Господня были полностью уничтожены, осенью 1943 г. сгорело здание подворья в Любани. После 1945 г. несколько иноков монастыря Воскресения Господня откопали спрятанные на территории обители святыни: Евангелие было подарено Пюхтинскому женскому монастырю, Казанская икона Божьей Матери в 2005 г. находилась в Казанской церкви в города Тосно Ленинградской области; в историко-краеведческом музее Тосно хранятся почитаемая икона Макария и несколько экспонатов, связанных с монастырём Воскресения Господня. Во второй половине 1950 гг. на месте алтаря Успенской церкви и раки Макария верующие установили два деревянных креста. К 2005 г. территория монастыря заросла лесом. На островке Макария были руины церкви Всех преподобных, над алтарной частью которой установлен деревянный крест, сохранился колодец.