И.В. Сталин высоко оценил патриотическую деятельность РПЦ в годы войны, свидетельством чему стало присутствие патриарха Алексия на трибуне Мавзолея Владимира Ильича Ульянова (Ленина) во время Парада Победы на Красной площади 24 июня 1945 г. и несколько позднее – награждение патриарха орденом Трудового Красного знамени. Осенью 1943 г., после переговоров с католикосом-патриархом Грузии Каллистратом, было возобновлено каноническое общение между Русской и Грузинской церквами, прерванное в 1917 г. Начиная с осени 1943 г. шло массовое возвращение под омофор патриарха духовенства и приходов из обновленческого, григорианского и других расколов, действовавших в 1920–1930 гг., а также «непоминающих». В марте 1945 г. была преодолена так называемая эстонская схизма, в общение с РПЦ были приняты православные приходы и духовенство Эстонии. Сразу после начала Великой Отечественной войны руководители практически всех религиозных объединений СССР поддержали освободительную борьбу народов страны против немецко-фашистского агрессора. Обращаясь к верующим с патриотическими посланиями, они призывали достойно выполнить свой религиозный и гражданский долг по защите Отечества, оказать всю возможную материальную помощь нуждам фронта и тыла. Руководители большинства религиозных объединений СССР осудили тех представителей духовенства, которые осознанно перешли на сторону врага, помогали насаждать «новый порядок» на оккупированной территории. Глава российских старообрядцев Белокриницкой иерархии архиепископ Иринарх (Парфёнов) в Рождественском послании 1942 г. призвал старообрядцев, немалое число которых воевало на фронтах, доблестно служить в Красной Армии и оказывать противодействие врагу на оккупированной территории в рядах партизан. В мае 1942 г. с письмом-воззванием к верующим обратились руководители Союзов баптистов и евангельских христиан; в воззвании говорилось об опасности фашизма «для дела Евангелия» и содержался призыв к «братьям и сёстрам во Христе» исполнять «свой долг перед Богом и перед Родиной», являясь «лучшими воинами на фронте и лучшими работниками в тылу». Общины баптистов занимались пошивом белья, сбором одежды и других вещей для воинов и семей погибших, помогали в уходе за ранеными и больными в госпиталях, опекали сирот в детских домах. На собранные в баптистских общинах средства был построен санитарный самолёт «Милосердный самаритянин» для вывоза в тыл тяжелораненых солдат. Неоднократно с патриотическими воззваниями выступал лидер обновленчества Александр Иванович Введенский. В начале 1944 г. на собранные Армянской Апостольской Церковью (ААЦ) пожертвования была сформирована танковая колонна имени св. Давида Сасунского, ААЦ принимала активное участие в сборе средств для различных патриотических фондов СССР. В 1943–1945 гг. ААЦ с разрешения государственных властей открыла новые или ранее закрытые храмы, монастыри и духовные школы, налаживала издательскую деятельность, восстановила контакты с зарубежными епархиями и общинами. Усилиями Местоблюстителя Эчмиадзинского престола архиепископа Геворга Чеорекчяна с личного разрешения И.В. Сталина в апреле 1945 г. ААЦ был возвращён комплекс зданий Эчмиадзина. На состоявшемся в июне 1945 г. Национально-церковном Соборе ААЦ представители армянских епархий всего мира избрали католикосом всех армян архиепископа Геворга Чеорекчяна.