В период эвакуации по поручению Патриаршего Местоблюстителя в Москве оставался митрополит Николай. Во время битвы за Москву он часто выезжал на передовую, совершал богослужения в московских и подмосковных храмах, произносил проповеди, призывая москвичей не поддаваться панике, стойко защищать столицу. В ноябре 1942 г. митрополит Николай был введён в состав Комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков. В составе делегаций комиссии митрополит Николай часто выезжал в прифронтовую полосу, посещал освобождённые от оккупации районы, собирал свидетельства не только о громадном материальном ущербе, нанесённом сражениями и войсками вермахта многочисленным храмам, но и о мученическом подвиге православных священнослужителей, монахов и монахинь, принявших смерть от фашистов. В работе территориальных комиссий по расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков участвовали и другие иерархи и священнослужители РПЦ. Их наблюдения, свидетельства и выводы передавались в государственные органы, помещались на страницах церковной литературы. Подлинным примером мужества является поведение православного духовенства и мирян во время 900-дневной блокады Ленинграда (8 сентября 1941 г. – 18 января 1944 г). Находясь в осаждённом городе, Ленинградский митрополит Алексий (Симанский; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) служил литургии в Никольском Морском соборе и других храмах, совершал отпевания жертв блокады, обращался с патриотическими воззваниями к клиру и верующим епархии. Его примеру следовали ленинградские священнослужители, не прекращавшие пастырского попечения о верующих, совершавшие богослужения, отпевавшие погибших, оказывавшие посильную помощь медикаментами и дровами из приходских запасов. Среди жертв блокады – десятки клириков Ленинградской епархии. В ленинградских приходах был организован сбор средств в Фонд обороны, в 1941–1945 гг. в храмах епархии было собрано более 17 млн. руб. В январе 1944 г., вскоре после полного снятия блокады, митрополит Алексий в составе областной Комиссии по расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков посетил освобождённые Петергоф и Пушкин, где констатировал факты разрушения немецкими войсками храмов и жестокого убийства более 2 тыс. мирных жителей, собранных в Петергофской кладбищенской церкви Святой Троицы и взорванных вместе со зданием храма. В первый же год войны православные храмы Москвы передали в Фонд обороны более 3 млн. руб., церкви Горького – более 4 млн. руб., церкви города Куйбышева – более 2 млн. руб. Широкую патриотическую работу проводили возрождающиеся православные монастыри, где нередко устраивались госпитали и детские дома. Проявляя заботу о детях воинов, сражавшихся на фронтах, православная церковь объявила сбор средств во всех действовавших храмах в особый Фонд помощи детям, Московская патриархия первой сдала 1 млн. руб. Всего за годы войны Московской патриархией, духовенством и верующими было собрано более 300 млн. руб. без учёта пожертвованных ценностей и вещей. В 1942–1944 гг. во многих республиках и областях СССР широко развернулось движение по сбору средств на строительство танковых колонн. 30 декабря 1942 г. митрополит Сергий призвал верующих жертвовать средства на сооружение танковой колонны имени Димитрия Донского. На танковом заводе в Челябинске были выстроены сорок танков, которые митрополит Николай 7 марта 1944 г. от Московской патриархии передал Красной Армии.