Это событие произошло в критический период для Кипрской церкви, когда Антиохийская церковь при патриархе-монофизите Петре Гнафевсе стремилась установить над островом свой контроль под предлогом, что Кипр получил христианство от Антиохии. Евангелие, найденное в гробу Варнавы, было отвезено архиепископом Анфемием в Константинополь и предъявлено византийскому императору Зинону (474–491 гг.). Обретение мощей апостола являлось важным аргументом в полемике с Антиохийским патриархом. Таким образом была доказана и окончательно признана автокефалия Кипрской церкви как основанной апостолом. Архиепископ, избиравшийся Кипрскими епископами, получил три императорские привилегии: носить порфировую мантию, императорский скипетр (вместо посоха) и подписываться киноварью. В «Церковной истории» Феодора Анагноста говорится, что Евангелие было помещено императором Зиноном в церкви св. Стефана в Большом дворце, и что оно выносилось для чтения в Великий четверг. Это Евангелие видел там будущий Антиохийский патриарх Севир, посетивший византийскую столицу в 508 г., о чём он пишет в своём Послании. Считается, что вместе с Евангелием в Константинополь была перенесена и часть мощей Варнавы и положена в храме св. Стефана. Из латинского описания Константинополя («Аноним Меркати») исследователям известно, что в XII в. часть мощей Варнавы хранилась в церкви Богородицы Перивлепты (Триаконтафиллос), построенной в 1034 г. императором Романом III Аргиром. Согласно Тпикону Великой церкви X в., память Варнавы в Константинополе совершалась в церкви апостола Петра, пристроенной к Святой Софии. Основная часть мощей апостола осталась на Кипре. Архиепископ Анфемий после возвращения из Константинополя основал на месте их обретения монастырь и построил большую трёхнефную базилику. Рака с мощами апостола была перенесена из пещеры в новый храм и установлена, согласно Александру Кипрскому, справа от жертвенника, в апсиде южного нефа. Игумен Даниил (1106–1107 гг.), перечисляя кипрские святыни, называет мощи Варнавы на втором месте вслед за упоминанием мощей Епифания Кипрского. В 1629 г. частица мощей Варнавы была привезена в дар русскому царю Михаилу Фёдоровичу кипрским посольством во главе с архимандритом монастыря св. Николая Иоасафом. После турецкой оккупации (1974 г.) мощи Варнавы были вывезены в южную часть острова и хранятся в монастырях Киккском и Махерас. Согласно западной традиции, основная часть мощей Варнавы была перенесена с Кипра в Милан, откуда глава святого попала в Тулузу, а другие частицы оказались в Падуе, Кремоне, Кёльне и Праге. Варнаве приписывался ряд сочинений, получивших распространение в первые века христианства. Важнейшее из них – «Послание апостола Варнавы», которое пользовалось большим авторитетом в Александрии и цитировалось в сочинениях церковных писателей. Климент Александрийский и Ориген не сомневались в авторстве Варнавы. Ориген называет это «Послание» соборным. Но Евсевий и Иероним Стридонский уже считают его авторство спорным. Современные исследователи датируют это сочинение II в. «Послание» Варнавы включено в Синайский кодекс Нового Завета IV в. непосредственно после Апокалипсиса. Изречение (maxim), надписанное именем Варнавы, исследователи считают не выдержкой из послания, а фрагментом другого несохранившегося произведения. Евангелие от Варнавы, текст которого утрачен, упоминается как апокрифическое в «Каталоге Геласия» («Decretum Gelasianum»; V в.) и в «Каталоге 60 канонических книг» (VI–VII вв.).