Для решения этого вопроса они отправились в Иерусалим, где рассказали, «какие знамения и чудеса сотворил Бог через них среди язычников» (Деян. 15:12). Иерусалимский Собор апостолов (48 г.) принял решение не обременять христиан из язычников исполнением закона Моисеева (Деян. 15:1–31 и Гал. 2:9). Павел и Варнава жили в Антиохии, «уча и благовествуя» (Деян. 15:35). Через некоторое время они решили посетить основанные ими христианские общины в Малой Азии. Однако между ними возникло разногласие из-за Иоанна Марка, которого Павел не хотел брать с собой, поскольку тот оставил их в Памфилии во время первого путешествия (Деян. 15:36–38). В конце концов, Варнава отправился на Кипр с Марком, а Павел с апостолом Силой – в Малую Азию и далее во Фракию и Элладу (48 или 49 г.; Деян. 15:39–41). На эпизоде расставания апостолов заканчивается повествование об апостоле Варнаве в Новом Завете. Разногласие между апостолами не повлекло за собой вражды: апостол Павел с уважением говорит о Варнаве в своём Послании (1 Кор. 9:6; около 56 г.). О более позднем сотрудничестве апостолов существует одно косвенное упоминание в Послании Колоссянам (Кол. 4:10). Ряд источников содержат разноречивые сведения об апостольской проповеди Варнавы в Александрии, Риме и Медиолане (современный Милан). Климентовы «Встречи» («Recognitiones», IV в.), находящиеся в составе Климентин и дошедшие в латинском переводе Руфина Аквилейского (V в.), говорят о деятельности Варнавы в Риме ещё во время земной жизни Спасителя. Климент встретил Варнаву в Риме, где апостол проповедовал Евангелие. Акты апостола Петра также упоминают о пребывании Варнавы в Риме. В Псевдо-Климентовых гомилиях рассказывается о том, как Климент Римский встретил Варнаву, «одного из учеников Сына Божия», в Александрии и спрятал его в своём доме, чтобы защитить от толпы философов, старавшихся опровергнуть проповедь Варнавы с помощью силлогизмов. Варнава возвратился в Иудею, куда затем прибыл Климент. Они встретились у апостола Петра, и Варнава просил Климента сопровождать его в Рим. Александр Кипрский считает, что путешествие Варнавы из Антиохии в Рим, а затем в Александрию и его возвращение в Антиохию состоялись позднее – вскоре после побиения камнями первомученика Стефана. Древнейшие источники не говорят о проповеди Варнавы в Медиолане. Наиболее раннее упоминание об этом встречается в Апостольских списках Псевдо-Епифания (VI–VII вв.) и Псевдо-Дорофея (VIII–IX вв.). Подробно его деятельность в Медиолане описана в сочинении «De adventu Barnabae Apostoli» в составе «Datiana Historia Ecclesiae Mediolanensis» или «De situ civitatis Mediolanensis» (IX в.), где говорится, что Варнава отправился в Рим сразу после расставания с апостолом Павлом, т.е. прибыл туда раньше других апостолов и первым возвестил там евангельское учение. На Западе Варнава считается небесным защитником Милана и покровителем бондарей и ткачей. После расставания с апостолом Павлом Варнава прибыл из Антиохии на остров Кипр в сопровождении Иоанна Марка (Деян. 15:35–39). Как рассказывается в «Хождении апостола Варнавы», они сели в Лаодикии на корабль, плывущий на Кипр, и ночью высадились на берег в Кроммиакити (современный Кормакитис). Их приняли у себя Аристон и Тимон, слуги языческих жрецов. На следующий день они отправились в Лапиф, однако не вошли в город, т.к. там совершался языческий праздник.