Эта духовная незрелость была, с одной стороны, причиной смятения Варнавы перед обновленцами, вызванного неумением отличить послушание от беспринципности, с другой стороны, наложила печать на его сочинение. Впоследствии он предполагал исправить текст книги, но этот замысел остался неисполненным. В 1931 г. Варнава переехал в Москву, поселился в квартире брата своей келейницы В. Долгановой. 15 марта 1933 г. был арестован вместе с В. Долгановой, её сестрой Фаиной и иеромонахом Киприаном (Нелидовым), заключён в Бутырскую тюрьму. Его обвинили в создании тайного монастыря, «куда вербовалась молодёжь и обрабатывалась в контрреволюционном духе» (последнее обвинение Варнава категорически отверг). 10 мая 1933 г. особое совещание при Коллегии ОГПУ приговорило Варнаву и иеромонаха Киприана к трём годам исправительно-трудовых лагерей, Долгановы были сосланы на тот же срок в Северный край. 12 июня 1933 г. Варнава прибыл в Алтайский край в седьмое Чуйское отделение третьего лагерного пункта Сиблага ОГПУ, где заключённые занимались строительством дороги. От работы епископ отказался, получал штрафной паёк. Его поселили в худшем бараке, среди отъявленной шпаны. Чтобы не слышать сквернословия, Варнава целый день ходил вдоль стены лагеря. Ни с кем не разговаривал, а если что говорил, то непонятное. Врач лагерной больницы М.К. Шитова, сжалившись над архиереем, выписала ему направление в Томскую психиатрическую больницу с диагнозом «шизофрения»; через два месяца Варнаву вернули в лагерь, но вскоре снова отправили в психиатрическую больницу в Томск. В 1936 г., после окончания срока заключения, епископ и его келейница В. Ловзанская поселились в Томске. Варнава уже не юродствовал, много времени уделял составлению «Записных книжек». В 1948 г. Варнава и его келейница переехали в Киев. После освобождения из лагеря Варнава не совершал богослужений, кроме великого водоосвящения на Богоявление, занимался, в основном, Иисусовой молитвой и чтением св. отцов. По воскресным дням ходил молиться к киевским святыням, присутствовал на богослужениях, не открывая своего сана и не участвуя в таинствах. В Киеве Варнава создал жизнеописание старца схиархимандрита Гавриила (Зырянова), начал составлять жизнеописания Серафима Саровского, некоторых подвижников XIX в. (Иоанна Босого) и древности (Синклитикии и Григория Акрагантийского). После смерти Иосифа Виссарионовича Джугашвили (Сталина) епископу стало казаться, что близки перемены в стране, и он сможет уехать на Запад и там издать свои сочинения. К концу 1961 г. Варнава всё сильнее начал чувствовать приступы слабости и болезни, сообщил духовным чадам, что больше по внешним вопросам ответов давать не будет, а по духовным отказать не может. За сорок дней ему был открыт день кончины, 17 апреля 1963 г. он позвал к себе духовных дочерей на прощальную беседу. Варнава погребён на Байковом кладбище в Киеве, чин погребения совершил священник Алексий Глаголев.