В 1953–1955 гг. в Вильнюсском монастыре был построен двухэтажный сестринский корпус, к 1959 г. к монастырю были проведены водопровод и канализация, все помещения электрифицированы, территория обители огорожена кирпичной оградой с дубовыми св. вратами. Трудами сестёр было благоустроено Евфросиниевское кладбище, в южной части которого похоронены многие насельницы и священнослужители обители. Патриарх Московский и всея Руси Алексий I передал в дар монастырю вышитую бисером икону «Целование праведной Елисаветы», выполненную монахинями иерусалимского Горненского монастыря. Постановлением Совета министров Литовской ССР от 12 июля 1959 г. Вильнюсский монастырь был снят с регистрации, денежные средства и движимое имущество обители подлежали конфискации. 23 августа 1960 г. насельницы (23 монахини, пять послушниц) были выселены из обители, Александро-Невский храм передан на баланс Министерства культуры Литовской ССР, в бывшем сестринском корпусе разместилась колония для трудновоспитуемых девочек. Несмотря на это, монастырь продолжал существовать: игуменья Нина с сёстрами поселилась в двухэтажном корпусе вильнюсского Свято-Духова мужского монастыря. В 1968 г. вместо ушедшей на покой и принявшей схиму с именем Варвара игуменьи Нины (ум. в 1969 г.) Вильнюсский монастырь возглавила её племянница и многолетняя сподвижница игуменья Ангелина (Баташёва). 15 мая 1989 г. постановлением Совета министров Литвы указ 1959 г. о ликвидации монастыря был признан утратившим силу. С апреля 2002 г. Вильнюсский монастырь, размещающийся в корпусе на территории Свято-Духова монастыря, возглавляет монахиня Надежда (Ломако). К началу 2004 г. в Вильнюсском монастыре жили 13 насельниц: девять монахинь и четыре послушницы. Сёстры несли послушания в Свято-Духовском соборе, пели на клиросе, выпекали просфоры для храмов Виленской епархии, изготавливали свечи, ухаживали за могилами насельниц Вильнюсского монастыря на вильнюсском православном Евфросиниевском кладбище. 5 мая 2015 г., решением Священного Синода Русской православной церкви Вильнюсский монастырь был вновь открыт. 24 мая 2015 г. сёстры монастыря переехали в помещения при восстановленном храме в честь св. князя Александра Невского, а монахиня Серафима (Иванова) возведена в сан игуменьи.