Для предотвращения перехода паствы в РПЦЗ в июне 1947 г. Виктор приехал из Шанхая в Пекин, где был вынужден передать имущество и здания миссии в собственность СССР. После прекращения гражданской войны в Китае и провозглашения КНР Виктор обратился 3 декабря 1949 г. к патриарху Алексию I с рапортом, в котором подчеркнул необходимость дальнейшего развития миссионерства в Китае. 24 января следующего года патриарх Алексий I благословил Виктора развивать миссионерское служение и определил основной целью русской миссии постепенное создание Китайской православной церкви. В том же году Виктор разработал проект нового «Положения о миссии». В июле 1950 г. приехал в Москву и 20 июля представил Синоду доклад о деятельности миссии. 22 августа Виктор был назначен патриаршим экзархом Восточноазиатского Экзархата РПЦ с оставлением в должности начальника Русской духовной миссии в Китае. В числе основных мероприятий Виктора во исполнение определения о создании поместной православной церкви в Китае были: административная реформа, объединившая все православные приходы в рамках Экзархата, образование на основе совета миссии и совета Экзархата единого экзаршего совета, включение китайских клириков в организованное при Экзархе Управление. Для успешного развития миссии были созданы пастырско-катехизаторские курсы в Пекине, три школы для китайских детей, учреждена комиссия по переводу богослужебных книг на современный китайский язык, совершались иерейские и диаконские хиротонии из числа православных китайцев. Массовая эмиграция русского населения из Китая, малочисленность китайской паствы, недостаток средств, а также высокие налоги, которые платила миссия, чрезвычайно затрудняли её существование и миссионерскую работу Экзархата в целом. В рапорте патриарху от 27 июня 1954 г. Виктор изложил главные причины кризиса миссионерской работы и просил реорганизовать церковное управление в Китае путём упразднения Русской духовной миссии и создания самостоятельного Экзархата с назначением Экзарха из китайского духовенства. 30 июля 1954 г. Синод постановил упразднить Русскую духовную миссию в Китае и передать все православные храмы Китая в ведение Восточноазиатского Экзархата. 29 октября 1955 г. Виктор получил сообщение, что все церковные дела передаются в компетенцию религиозного отдела при правительстве КНР. Дальнейшее ужесточение политики китайских властей в отношении православной церкви привело к тому, что 30 марта 1956 г. вся недвижимая собственность Экзархата была передана китайскому правительству, кроме территории Бэйгуаня (северного подворья миссии), ставшей собственностью советского посольства в Пекине. 24 апреля 1956 г. Виктор передал все церковные дела и имущество Пекинской епархии временно исполняющему обязанности главы Китайской православной церкви архимандриту Василию (Шуану). 24 мая 1956 г. Виктор уехал в СССР, 31 мая был назначен архиепископом Краснодарским и Кубанским, 20 июня 1961 г. возведён в сан митрополита. 11 мая 1963 г. награждён орденом равноапостольного князя Владимира первой степени. Погребение Виктора, состоявшееся 21 августа 1966 г., совершили архиепископ Ставропольский и Бакинский Михаил (Чуб) и епископ Симферопольский и Крымский Леонтий (Гудимов). Виктор был похоронен на городском кладбище Краснодара.