Виктор продолжал развивать работу миссии, совершал поездки по Китаю, освящал храмы, открывал монастыри, осуществлял миссию также среди русских эмигрантов-униатов, представителей других христианских конфессий. В 1936–1938 гг. совершил поездку в Малабар (Индия) и на Цейлон, где вёл переговоры о вступлении местных христианских общин в единение с православной церковью. После захвата в 1931 г. Японией Маньчжурии и образования на её территории государства Маньчжоу-Го Русская духовная миссия подверглась административным притеснениям со стороны японских властей, видевших в деятельности миссии среди китайского населения помеху политике «японизации». Виктор был вызван в Харбин, где под угрозой объявления его военным преступником ему было предложено передать подведомственный миссии клир на территории Маньчжоу-Го в ведение Харбинской епархии. Виктор поручил управление имуществом и приходами миссии жившему в Харбине архиепископу Мелетию (Заборовскому). После начала оккупации Китая Японией в 1937 г. по настоянию оккупационных властей Виктор был вынужден занять пост председателя Антикоминтерновского союза Северного Китая. В связи со сложной внутриполитической обстановкой в Китае в конце 1930 гг. провёл реформу миссии в сторону централизации её управления: было упорядочено административное управление в отдалённых районах Китая, в составе Пекинской епархии создано Синьцзянское викариатстство с центром в городе Урумчи, организовано гонконгское благочиние. Указом от 3 мая 1938 г. Виктор организовал Управление Русской духовной миссии с центром в Пекине. Во время Второй мировой войны связь миссии с Архиерейским Синодом РПЦЗ была прервана. В декабре 1944 г. Виктор предпринял неудачную попытку связаться с Московской патриархией через советское посольство в Пекине. После принятия в июле 1945 г. митрополитом Мелетием (Заборовским) и духовенством Харбинской епархии решения о воссоединении с РПЦ Виктор вместе с Шанхайским епископом Иоанном (Максимовичем) и духовенством в августе 1945 г. направил телеграмму патриарху Алексию I с прошением о принятии Русской духовной миссии в Китае в юрисдикцию Московской патриархии. Определением Священного Синода РПЦ от 27 декабря 1945 г. прошение Виктора было удовлетворено. В июне 1946 г. он был награждён правом ношения креста на клобуке. После возвращения в июне того же года епископа Иоанна (Максимовича) в юрисдикцию РПЦЗ деятельность Виктора в качестве главы миссии была значительно затруднена. По причине принятия им советского гражданства правительство Гоминьдана препятствовало его деятельности, признавая начальником миссии и представителем православной церкви епископа Иоанна. 19 октября 1946 г. Виктор был арестован по обвинению в сотрудничестве с японскими оккупационными властями и членстве в Антикоминтерновском союзе, помещён в тюрьму в Шанхае, освобождён под залог благодаря вмешательству советского консульства 24 октября, полностью обвинение было снято судом в апреле 1947 г. 22 октября 1946 г. указом Синода РПЦ Виктор был утверждён в должности начальника Русской духовной миссии в Китае в составе Восточноазиатского Экзархата РПЦ.