В конце XIX в. на базе Ватиканского секретного архива как научного центра были созданы многочисленные институты, работающие и в настоящее время: Французская школа в Риме, Австрийский институт исторических исследований, Бельгийская академия и др. Доступ к документам, хранящимся в Ватиканском секретном архиве, ограничивается не сроком их давности, как в других архивах, а понтификатами. При Льве XIII стали доступны документы до понтификата Пия VI (1775–1799 гг.) включительно. 16 февраля 2002 г. папа Иоанн Павел II (1978–2005 гг.) открыл доступ к документации понтификата Пия XI (1922–1939 гг.). Торжественное открытие этих фондов состоялось 15 февраля 2003 г., но фактически документация становится доступной постепенно, начиная с фондов нунциатуры в Мюнхене и в Берлине. К началу 2005 г. планировалось открыть остальные фонды. Началась работа по подготовке к открытию документации папы Пия XII (1939–1958 гг.). Ватиканский секретный архив издаёт две серии: «Collectanea Archivi Vaticani» (с 1968 г.) и «Littera Antiqua» (с 1980 г.), последняя посвящена латинской и греческой палеографии. Кроме того, архив выпускает ряд специальных изданий, среди которых «Библиография Ватиканского секретного архива» (Bibliografia dell'Archivio Segreto Vaticano) в девяти томах, в настоящее время готовится к публикации, и иллюстрированное издание печатей, хранящихся в Ватиканском секретном архиве – «Золотые печати Ватиканского секретного архива» (Sigilli d'Oro dell'Archivio Segreto Vaticano. R., 1986 г.). Некоторые наиболее древние документы хранятся в электронном виде, с ними можно ознакомиться в читальном зале или приобрести СD-Rom в офисе Ватиканского секретного архива (в настоящее время представлены около 500 CD). Ведётся работа по компьютеризации зала, где хранятся почти 2 тыс. указателей по фондам архива, по преобразованию в электронный вид так называемого Архива военнопленных (Archivio dei Prigionieri di guerra), содержащего около 4 млн. карточек, отражающих деятельность особого органа Государственного секретариата в 1939–1945 гг. Ватиканский секретный архив имеет свои реставрационные мастерские, фотолаборатории, а также лаборатории по изучению печатей. Ватиканская школа палеографии, дипломатики и архивистики, созданная папой Львом XIII 1 мая 1884 г., предлагает три программы университетского обучения: годичный курс архивистики, для которого не требуется диплом об университетском образовании; двухгодичный курс палеографии, дипломатики и архивистики и годичный курс палеографии и греческой кодикологии, для которых требуется диплом о высшем образовании и знание латинского и греческого языков. Регулярно организовываются научные семинары и конференции. Сотрудники Ватиканского секретного архива участвуют в научных конференциях по архивному делу, палеографии, кодикологии, истории и т.п. В конце XVII в. префект Ватиканского секретного архива кардинал Джузеппе Гарампи составил 800 тыс. карточек, каталогизировав все хранящиеся на тот момент документы архива (картотека Джузеппе Гарампи и по сей день незаменима для работы Ватиканского секретного архива). С увеличением числа хранящихся материалов в XX в. Ватиканский секретный архив получал в своё распоряжение всё больше новых помещений. 18 октября 1980 г. состоялось торжественное открытие нового здания архива. Но до настоящего времени в архиве существуют фонды, которые требуют инвентаризации и каталогизации, а также фонды, чьи инвентари должны быть пересмотрены и откорректированы. Архив постоянно пополняется новыми коллекциями документов.