После падения Наполеона (1815 г.) комиссия, посланная Пием VII, возвратившимся в Рим, смогла вернуть многое из вывезенных фондов Ватиканского секретного архива, но всё же часть его осталась в Париже или была утеряна, в том числе при перевозке. После взятия Рима республиканскими войсками и упразднения Папского государства в сентябре 1870 г. в опасности оказались архивы, хранившиеся вне стен Ватикана. Однако, несмотря на антиклерикальные выступления, Ватиканский секретный архив остался нетронутым. Главой Ватиканского секретного архива является папа Римский, который принимает решения, касающиеся, в основном, доступа к хранимым здесь документам, а также одобрения правил работы архива. Работой учреждения руководит кардинал, являющийся одновременно главой Ватиканской библиотеки (должность пожизненная). Первым заместителем кардинала-архивиста является префект архива, ответственный за административную и научную работу учреждения. Ему помогают вице-префект, секретарь или архивисты. Остальной персонал не превышает 50 человек. Документы в Ватиканском секретном архиве распределены по фондам согласно принципу их происхождения. Названия фондов и их содержание отражают процесс формирования архива и его современную структуру. Ватиканский секретный архив содержит официальную документацию органов управления Римско-католической церкви. Древние документы находятся в трёх коллекциях (регистрах): Ватиканские регистры – со времени предстоятельства папы Иннокентия III (1198–1216 гг.) до правления папы Григория XIII (1572–1585 гг.); Авиньонские регистры (353 тома), включённые в состав Ватиканского секретного архива в 1783 г., и Латеранские регистры, находящиеся в Латеранском дворце (вошедшие в архив в 1892 г.) и включающие также регистр булл Апостольской канцелярии (1389 г.). При папе Александре VII (1655–1667 гг.) Ватиканский секретный архив пополнился корреспонденцией Государственного секретариата. В 1835–1836 гг. в состав архива вошёл фонд Канцелярии нунциатуры Венеции (более 17 тыс. документов на пергамене и бумаге). Органы управления Римско-католической церкви (консистории, комиссии, трибуналы, конгрегации, Советы и прочие учреждения) регулярно передают свои фонды в Ватиканский секретный архив. Кроме того, с определённой периодичностью (каждые 30 лет) архив пополняется за счёт документов нунциатуры, представляющей интересы папы Римского и государства Ватикан в других странах и международных организациях (ООН, ЕС и др.). Также в Ватиканском секретном архиве хранится полная документация последних Соборов: Тридентского, первого и второго Ватиканских. Важной сферой деятельности Ватиканского секретного архива является организация научной работы и подготовка архивных фондов для работы учёных. До 1880 г. доступ к фондам имели только отдельные учёные, такие как, например, Готфрид Вильгельм Лейбниц, получивший это право за особые заслуги. Папа Лев XIII (1878–1903 гг.) разрешил доступ в архив тем учёным, кто, по его мнению, был этого достоин, и чья работа могла принести пользу церкви.