Летом 1924 г. монастырь посетил Московский патриарх Тихон (Белавин). В 1928 г. Высоцкий монастырь был закрыт, Покровский храм обращён в приходский, но на территории обители проживали архимандрит Пантелеимон (Орлов), игумен Никон (Хрулькевич), иеромонахи Кронид (Дубровный Кирилл Иродионович), Кир (Севастианюк), Серапион (Кушин), иеродиаконы Терентий (Чернявский Терентий Иларионович), Иринарх (Белявский). Вскоре архимандрит Пантелеимон был арестован и сослан в Печору, а игумен Никон – в Архангельск. Братия и прихожане регулярно переписывались с сосланными. Так, в 1930 гг. к архимандриту Пантелеимону и игумену Никону ездили монахини Маврикия (Сереженькина) и Еликонида (Волкова) и Д.А. Крылова. С сентября 1930 г. в Покровской церкви служили иеромонах Кронид и иеродиакон Терентий, в обители проживал келейник арестованного епископа Максима (Жижиленко) иеромонах Косма (Трусов). В ноябре 1930 г. были арестованы иеромонахи Кронид и Косма, 4 декабря 1930 г. – иеродиакон Терентий. С 1930 гг. в помещениях Высоцкого монастыря располагались казармы, склады, гаражи, коммунальные квартиры и др. В 1930–1960 гг. были разрушены три башни и бо́льшая часть стен. В результате археологических раскопок летом 1985 г. было обнаружено древнее погребение – мощи Афанасия Младшего, обретённые 24 сентябя 1994 г. Решением Священного Синода 25 марта 1991 г. Высоцкий монастырь был возрождён, 10 апреля 1991 г. торжественно открыт, Крутицкирй митрополит Ювеналий (Поярков) постриг трёх первых насельников. 8 сентября 1994 г. был освящён восстановленный Покровский храм, в котором совершаются богослужения. 6 сентября 1996 г. была освящена Сергиевская церковь, 18 июня 1997 г. – Никольская церковь, 25 сентября 2001 г. – Зачатиевский собор. В 1994–1998 гг. восстановили Трёхсвятительский храм, колокольню, настоятельский и братский корпуса, ограду; устроены мужская и женская гостиницы. В Высоцком монастыре более 20 насельников, с 25 марта 1991 г. настоятель – архимандрит Иосиф (Балабанов), с 16 февраля 1999 г. – игумен Кирилл (Костиков). Святыни Высоцкого монастыря: чудотворный образ Божьей Матери «Неупиваемая Чаша», прославившийся исцелениями от пьянства, икона Николая (Можайского; XIV в.), икона Георгия Победоносца новгородского письма (XV в.), которую брали в походы воины серпуховского войска, образ Серафима Саровского с частицей от его рубашки, епитрахиль и личные вещи Иоанна Кронштадтского. В Покровском приделе находится рака с мощами Афанасия Младшего. В обители хранятся около 300 частиц мощей святых. У иконы «Неупиваемая Чаша» ежедневно совершаются молебны с водоосвящением, у мощей Афанасия по пятницам – братский молебен с акафистом.