До 1931 г. на третьем ярусе колокольни было 14 колоколов. Между Зачатиевским и Покровским храмами, на месте часовни с могилой Афанасия Младшего, в 1697 г. на средства Нарышкиных была построена деревянная церковь во имя Афанасия Афонского. В 1878 г., в память 500-летия основания обители, вместо неё была выстроена каменная церковь во имя преподобных Афанасия Афонского и Сергия Радонежского. Внутренние переходы соединяли её с Зачатиевским и Покровским храмами. В Афанасиевской церкви над местом захоронения Афанасия Младшего стояла резная деревянная сень, резной иконостас был выполнен в русско-византийском стиле. Храм был разобран в 1967 г., на его месте построено крытое, в русском стиле, крыльцо Зачатиевского собора. В XVII в. недалеко от юго-восточной башни ограды была церковь во имя мученика Димитрия, что подтверждается археологическими исследованиями 1985–1986 гг. В 1728 г. храм был отремонтирован и освящён архимандритом Герасимом, но, по мнению исследователей, в середине XVIII в. упразднён. В 1896 г. по проекту архитектора Романа Ивановича (Роберта Юлиуса) Клейна на средства фабриканта Николая Николаевича Коншина за восточной стеной Высоцкого монастыря на монастырском кладбище была построена церковь во имя Всех святых, которая представляет собой яркий пример стилизации с применением элементов византийской и романской архитектуры. Квадратный в плане храм на подклете увенчан декоративным шатром, с трёх сторон окружён открытой галереей. Сложенный из кирпича, храм был облицован розовым и серым гранитом. Под церковью была устроена семейная усыпальница Коншиных. Кирпичная на белокаменном цоколе ограда, возведённая в XVII в., имела оборонительное значение. Четыре многогранные угловые башни заканчивались зубцами и, судя по изображению на иконе XVIII в., шатровым покрытием, в XIX в. заменённым гранёными куполами со шпилями. В первой половине XVIII в. параллельно восточному пряслу стены был построен одноэтажный кирпичный настоятельский корпус с крыльцом и светёлкой, над которой во время ремонта 1835 г. был надстроен треугольный фронтон. В 1834 г. возвели новый двухэтажный келейный корпус, примыкающий к жилым палатам XVIII в. В ноябре 1918 г. в Высоцком монастыре разместилась четвёртая рота пятого Земгальского латышского стрелкового полка, за оградой производились расстрелы. В конце 1919 г. латышские стрелки ушли из Высоцкого монастыря, но часть его территории была передана концлагерю. Когда в 1920 гг. в соседнем Владычном женском монастыре разместилось военное училище, около 95 монахинь поселились в настоятельском корпусе и подсобных помещениях Высоцкого монастыря, настоятель архимандрит Пантелеимон (Орлов) занял верхние кельи Покровской церкви.