В 1408–1409 гг. монастырь разорялся войсками хана Едигея и великого князя Литовского Свидригайло. В 1472 г. духовной грамотой Дмитровский князь Юрий Васильевич дал архимандриту Игнатию «на Высокое» 12 руб. серебром, а также село Ивановское. К середине XVI в. к Высоцкому монастырю были приписаны четыре погоста, 89 деревень, Высоцкий бор. 10 марта 1542 г. великий князь Иван IV Васильевич Грозный дал архимандриту Киприану грамоту о том, что за монастырём утверждались права суда над крестьянами своих вотчин, на добывание железной руды на монастырской земле, на охрану монастырских лесов от произвольной порубки. Грамотой 1570 г. царя Ивана IV на имя архимандрита Агапита с лавок монастырских крестьян не взимались пищальные деньги. В XVI в. под Серпуховом часто устраивались сборы войск, на которых присутствовали великие князья, бояре и воеводы. Посещения Высоцкого монастыря (в 1556, 1570 и 1574 гг.) Иваном Грозным и позднее Борисом Годуновым сопровождались вкладами и льготами. Весной 1571 г. Высоцкий монастырь сожгли войска хана Девлет-Гирея, судьба архимандрита Агапита исследователям неизвестна. Льготной грамотой 1572 г. разорённый монастырь освобождался от уплаты дани на пять лет. В феврале 1610 г. Высоцкий монастырь был, как полагают исследователи, сожжён войсками польского полковника Андрея Млоцкого, затем восстановлен. Царскими грамотами 29 декабря 1614 г. и 22 марта 1621 г. подтверждались прежние льготы. В 1647 г. для обеспечения обороны от крымских татар царь Алексей Михайлович повелел архимандриту Пафнутию поставить каменную ограду, дав на её сооружение 1 тыс. руб. В Высоцкий монастырь делались богатые вклады. В 1627 и 1628 гг. Московский  патриарх Филарет пожертвовал книги, деревянный резной крест и деньги, в 1637 г. царь Михаил Фёдорович дал 100 руб. на помин отца, патриарха Филарета. Вкладчиками Высоцкого монастыря были землевладельцы Серпуховского и соседних уездов – князья и бояре Воротынские, Ахамашуковы-Черкасские, Засекины, Лобановы-Ростовские, Лыковы, Сонцевы, Патрикеевы, Тутолмины, Бутурлины, Воейковы; в 1660 гг. – царский тесть Илья Данилович Милославский, боярин Борис Иванович Морозов. В 1670 гг. особо богатые вклады поступили от Нарышкиных, вотчина которых находилась на Серпуховской земле. В 1675 г. царица Наталья Кирилловна Нарышкина пожертвовала «по родителям своим» 52 пуда меди для переливки колокола и 295 руб. за работу мастеру. В 1697 г. брат царицы Лев Кириллович Нарышкин пожертвовал 580 руб. на возобновление соборного иконостаса. Боярыня М.Т. Нарышкина украсила окладом Тихвинскую икону Божьей Матери, пожертвовала шитую золотом, серебром, шёлком и жемчугом плащаницу, а также дала 450 руб. на строительство церкви во имя Афанасия Афонского. Согласно вкладной книге монастыря, в 1655 г. во время морового поветрия умерли несколько старцев. Часть оставшихся после них денег была положена в монастырскую казну на помин, другая часть роздана с той же целью по церквам. В 1678 г. к Высоцкому монастырю было приписано 400 дворов, доход составлял 90 руб. 35 коп., в 1700 г. – 379 дворов, в 1744 г. – 2963 крестьянина; в конце XVII – начале XVIII вв. к Высоцкому монастырю был приписан серпуховский Владычный монастырь, две часовни на реке Наре и на Тульском тракте. В Москве, на Пятницкой улице, Высоцкий монастырь имел деревянное подворье, на котором в 1720 гг. проживали «на постое» военные.