В память о посещении Вифании императором митрополит Платон устроил у входа в свои покои обелиск. В 1804 г. в монастыре жили восемь насельников. Митрополит Платон, скончавшийся в ноябре 1812 г., по завещанию был погребён в Лазаревской церкви рядом с гробом преподобного Сергия. Над гробницей под стеклом хранились его митра, дикирий и трикирий, справа от гробницы – полное облачение, слева – белый клобук, мантия и посох. У гроба иерарха ежедневно совершались панихиды, были отмечены случаи исцелений, по верованиям окрестных крестьян, митрополит Платон особенно помогал больным детям. О посмертном явлении митрополита Платона в храме Вифанского монастыря рассказывал Антоний (Медведев) Моисею (Путилову) в октябре 1839 г. После кончины основателя Вифанский монастырь стал небольшой обителью, существование которой в первой половине XIX в. было связано, прежде всего, с Вифанской семинарией; в документах монастырь именовался «училищным». В монастыре в 1824 г. жили восемь иноков, в 1828 г. – 11, в 1839 г. – 14, в 1860 г. – 37 насельников. В 1830 гг. была перестроена Лазаревская церковь, в результате сильно изменился облик Преображенского собора. «Не могу я забыть, как жестоко испортили вифанскую церковь», – писал Филарет (Дроздов) наместнику лавры архимандриту Афанасию (Фёдорову). В 1832 г. завершилось строительство неудачного в архитектурном отношении казначейского корпуса. В 1860–1863 гг. на средства Филарета, купца Григория Алексеевича Красногорова и других жертвователей шло сооружение нового двухэтажного собора. В нижнем храме в 1863 г. были освящены три престола: в честь Тихвинской иконы Божьей Матери, во имя архангела Михаила и во имя мучеников Платона и Романа. 28 июля 1866 г.. Филарет освятил в верхнем храме главный престол в честь Сошествия Святого Духа на апостолов (домовая Свято-Духовская церковь митрополита Платона к середине XIX в. была упразднена), в верхнем храме находился также придел во имя святителя Николая. Одновременно шла перестройка покоев митрополита Платона, в 1867 г. была восстановлена домовая церковь, освящённая в честь Нерукотворного образа Спасителя. В 1893 г. близ монастыря по проекту архитектора Александра Афанасьевича Латкова построили трёхэтажную гостиницу, в 1903–1905 гг. – новую каменную ограду. Обитель владела 37 десятинами земли, кирпичным заводом, занималась строительством домов, которые продавала или сдавала в аренду. В начале XX в. в Вифанском монастыре жили 23 насельника. В ризнице, находившейся в пристройке к алтарю Лазаревского храма, хранилось множество вкладов в обитель, в том числе пожертвованные митрополитом Платоном серебряные с позолотой, хрустальные и фарфоровые богослужебные сосуды, пожертвованные Филаретом серебряные богослужебные сосуды, облачение из белого флёра – вклад императрицы Марии Фёдоровны. Одна из достопримечательностей ризницы – большое серебряное с позолотой блюдо, поднесённое московским купечеством великому князю Павлу Петровичу и великой княгине Наталии Алексеевне в день их бракосочетания и впоследствии пожертвованное ими архиепископу Платону.