3 октября 1941 г. архиепископу Пантелеимону (Рожновскому) было передано требование немецкого рейхскомиссара образовать «Белорусскую автокефальную православную национальную церковь», 6 октября архиепископ Пантелеимон и Венедикт согласились выполнить это требование с определёнными оговорками относительно временного характера статуса Белорусской церкви и необходимости позднейшего его признания другими церквами в каноническом порядке; архиереи решили перенести резиденцию архиепископа Пантелеимона в Минск и усвоить ему титул «Минский и всея Беларуси». Венедикту поручалось управление приходами Гродненской области, присоединённой немцами к Восточной Пруссии. Постановлением прошедшего 3 марта 1942 г. в Минске Собора белорусских епископов Венедикт был избран в состав Синода Белорусской церкви, а Гродненская и Белостокская епархия, управляемая Венедиктом, получала статус автономной, с правами экзархата в Восточной Пруссии. Собор также выразил пожелание, чтобы Венедикт имел братское общение с Серафимом (Ляде), митрополитом Берлинским и Германским РПЦЗ, и поминал его как старшего за богослужением. 10 марта указом белорусского Синода Венедикт был возведён в сан архиепископа. Управляя епархией, Венедикт сталкивался с проблемами, которые были вызваны запретами со стороны немецкой администрации: в частности, запрещалось отмечать церковные праздники в будние дни, рекомендовалось переносить их на воскресенье, в некоторых местах не разрешалось служить больше двух часов. Оккупационные власти характеризовали Венедикта как «ревностнейшего великорусского организатора», через которого шла связь с русскими центрами в Польше. Венедикт запретил духовенству употребление белорусского, украинского или польского языков на богослужениях, признавая богослужебным языком исключительно церковнославянский. 21–26 октября 1943 г. Венедикт совместно с белорусским епископом Григорием (Боришкевичем) участвовал в совещании епископов РПЦЗ в Вене, состоявшемся под председательством митрополита Серафима (Ляде). На этом совещании было рассмотрено избрание Патриархом Московским митрополита Сергия (Страгородского), которое участники совещания сочли неканоническим. Кроме того, епископы направили немецким властям меморандум с протестом против ограничений деятельности зарубежного духовенства на оккупированных территориях СССР. В июле 1944 г., после освобождения Белоруссии Красной Армией и её наступления на Восточную Пруссию, Венедикт уехал в Германию. В апреле 1946 г. на архиерейском Соборе РПЦЗ в Мюнхене Венедикт совместно с большинством других белорусских епископов был присоединён к РПЦЗ. После кончины митрополита Серафима (Ляде), 19 сентября 1950 г. архиерейским Синодом РПЦЗ Венедикт был назначен архиепископом Берлинским и Германским (это послушание он исполнял неполный год). Венедикт похоронен на кладбище Фельдмохинг в Мюнхене рядом с могилой митрополита Пантелеимона (Рожновского).