В знак протеста против ложного обвинения 26 ноября объявил голодовку, которую поддержали священники, проходившие с ним по одному делу. Вениамина вновь поместили в одиночную камеру изолятора, через четыре дня епископ прекратил голодовку. Дело уфимского духовенства объединили с делом «контрреволюционной повстанческой организации “Освободители”», по объединённому делу проходило 297 человек. 3 декабря 1930 г. тройка при Полномочном представительстве ОГПУ в Башкирской АССР приговорила Вениамина к десяти годам исправительно-трудовых лагерей. Отбывал срок в Вишерском лагере (посёлок Малая Вижаиха Уральской области, ныне город Красновишерск Пермской области). Находясь в лагере, Вениамин не утратил связи с Уфой, его духовные дети приезжали в Красновишерск, поддерживали его продуктами и деньгами. Вместе с Вениамином отбывали срок епископ Антоний (Миловидов), архимандрит Иоасаф (Боев) и многие другие священнослужители. В результате непосильного труда на общих работах у Вениамина развился гнойный плеврит, после операции он был признан безнадёжным. Узнав о состоянии Вениамина, (архи)епископ Андрей (Ухтомский) 15 сентября 1932 г. направил руководителю Политического Красного Креста Екатерине Павловне Пешковой письмо с просьбой о его освобождении. Письмо завершалось словами: «Если Вы спасёте Троицкого, то спасёте одного из честнейших русских людей». По ходатайству Е.П. Пешковой Вениамин был 4 февраля 1933 г. комиссован из лагеря и выслан на оставшийся срок в город Мелекесс Средневолжского края (ныне город Димитровград Ульяновской области). Вениамин получил разрешение властей совершать богослужения в одном из двух существовавших в городе храмов во избежание «молений» по домам (второй храм был захвачен обновленцами). Антиминс был тайно доставлен из Уфы, первая служба состоялась в Страстную Пятницу 1933 г. В эти годы в городе Мелекесс переехали оставшиеся на свободе духовные чада Вениамина, а также семья его брата священника Михаила Троицкого. В ссылке Вениамин поддерживал активные связи с уфимскими «андреевцами», которыми управлял Руфин (Брехов), приезжавший к Вениамину в Мелекесс. В эти годы Вениамин пришёл к выводу о необходимости ликвидировать «уфимскую автокефалию» как явление ненормальное, о чём писал епископу Руфину. Получив подтверждения присоединения (архи)епископа Андрея (Ухтомского) к старообрядцам Белокриницкой иерерхии, разорвал с ним отношения и направил ему письмо, в котором высказал сомнение в правильности самочинного объединения со старообрядчеством. В 1937 г. Вениамин был вновь арестован, с 29 июля 1937 г. содержался в мелекесской тюрьме. Его обвиняли в «организованной контрреволюционной деятельности, направленной на подрыв Советской власти и против руководителей партии и правительства». Виновным себя не признал. Расстрелян по постановлению тройки при УНКВД по Куйбышевской области от 21 декабря 1937 г. Реабилитирован Военным трибуналом Приволжского военного округа 14 января 1956 г.