В 1200 г. заложен и через два года освящён храм Успения Пресвятой Богородицы во владимирском Княгинином женском монастыре. Наиболее раннее известие о церковном строительстве в Суздале зафиксировано в летописной статье под 1096 г., рассказывающей о вторжении Муромского князя Олега Святославича в Ростово-Суздальскую землю. Описывая разорение города, летописец сообщает о наличии в нём церкви великомученика Димитрия и двора Киево-Печерского монастыря. С конца XI в. известен суздальский во имя великомученика Димитрия монастырь, находившийся за рекой Каменкой, к западу от города, на дороге во Владимир. В 1101–1102 гг., как полагают исследователи, во второй приезд князя Владимира (Василия) Всеволодовича Мономаха, в Суздале был заложен каменный храм в честь Успения Пресвятой Богородицы. По повелению князя Юрия (Георгия) Владимировича Долгорукого в городе построили каменную церковь «святого Спаса», в княжеской резиденции Кидекше – белокаменную церковь во имя князей Бориса и Глеба. По мнению исследователей, при князе Юрии Долгоруком был заново сложен из туфа Успенский собор, перестраивавшийся в сентябре 1194 г. При восстановлении собора епископ Иоанн «не ища мастеров от немец, но налезе мастеры от клеврет святое Богородици и своих – иных олову лияти, иных крыти, иных извистью белити». По мнению Михаила Николаевича Тихомирова, сообщение летописи «указывает на существование в Суздале ремесленных слободок, зависевших от соборного клира и епископа». Иоанн, по-видимому, был инициатором основания суздальского во имя святых Космы и Дамиана монастыря на Яруновой горе, упоминаемого в летописи в начале XIII в. К северу от города, на дороге в Ростов и Ярославль, находился Евфросиниев суздальский в честь Положения ризы Пресвятой Богородицы во Влахерне женский монастырь, основанный в 1207 г. До 1237 г. в городе появились монастыри суздальский в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы и в честь Рождества Иоанна Предтечи. После смерти князя Всеволода Большое Гнездо (13 апреля 1212 г.) начался распад Суздальского княжества, который привёл к разделению Ростовской епархии. По мнению исследователей, во время усобицы между сидевшим в Ростове князем Константином Всеволодовичем и его братом князем Георгием (Юрием), занявшим владимирский стол, Ростовский епископ Иоанн, участвовавший в принятии решения о передаче великокняжеского стола Юрию Всеволодовичу, не был допущен в Ростов и поселился во Владимире. В конце 1214 г. владимирцы во главе с князем Юрием лишили Иоанна кафедры («изгнаша из епископства»), архиерей «отписася епископии всея земля Ростовьскыя» и удалился в Боголюбский (или в суздальский Космодамианов) монастырь, где принял схиму. 10 ноября 1214 г. во епископа Ростовского был хиротонисан Пахомий, духовник князя Константина Всеволодовича. В 1214/1215 г. епископом Суздальским и Владимирским был поставлен игумен владимирского Рождество-Богородицкого монастыря Симон (эту дату исследователи считают временем основания Владимирской епархии). После поражения в битве на реке Липице в 1216 г. Юрий Всеволодович был выслан братом в Городец, затем в Суздаль, князя Юрия сопровождал епископ Симон.