В 1764 г. Варницкий монастырь был выведен за штат с управлением строителями. Состав братии (до десяти человек) был непостоянен, настоятели часто менялись (с середины XVIII в. по середину XIX в. сменилось около 35 настоятелей). С 18 марта 1819 г. в Варницком монастыре пребывал на покое по собственному прошению Уфимский епископ Августин (Сахаров), родиной которого было село Зверинец близ Варницкого монастыря. В монастыре епископ Августин составил «Полное собрание духовных законов» (в 15 томах) и другие сочинения, погребён у южной стены Троицкого собора. До середины XVIII в. все постройки Варницкого монастыря были деревянными. 16 октября 1771 г. Ростовский епископ Афанасий (Волховский) освятил в обители первый каменный храм – одноглавый Троицкий собор с приделами во имя преподобных Сергия и Никона Радонежских (южный) и святителей Александрийских Афанасия и Кирилла (северный). С запада к собору над папертью была пристроена трёхъярусная колокольня. В 1784–1785 гг. у северной стены собора был возведён тёплый каменный Никольский храм (прежняя деревянная Никольская церковь «по вынесении из неё святого антиминса» в 1784 г. была продана «на обжиг кирпича»). В 1800 г. напротив западного входа в собор был выстроен двухэтажный настоятельский каменный корпус (перестроен в 1847 г.), в 1828 г. – одноэтажное здание братских келий (перестроено в 1897 г.). Пожар 26 сентября 1824 г. уничтожил крышу и часть иконостаса Никольской церкви, все хозяйственные постройки. Вскоре попечением епископа Августина (Сахарова) и ростовского купца Максима Михайловича Плешанова по проекту ярославского архитектора Петра Яковлевича Панькова было начато возведение каменного Введенского храма. 27 мая 1828 г. состоялась закладка храма, 7 октября освящён главный престол, в следующем году освящены приделы: во имя апостола Иоанна Богослова (северный) и во имя пророка Илии (южный). Иконостас исполнил московский резчик М.М. Ермолаев, иконы написал ярославский мастер Н. Антонов, позже ростовский художник Н.Д. Гладков расписал стены храма. В 1840 г. для Введенской церкви М.М. Плешанов заказал 11 серебряных риз на иконы, в 1845 г. пожертвовал иконы святителя Николая и преподобного Феодора Студита. В 1854 г. неизвестным благотворителем в Троицкий собор монастыря была передана написанная в Троице-Сергиевой лавре икона преподобного Сергия с частицей мощей преподобного, а также частицами мощей Димитрия Солунского, Новгородских святителей Иоанна и Никиты, преподобного Макария Калязинского. В 1848–1852 гг. Варницкий монастырь был обнесён каменной оградой с четырьмя башнями, в 1867 г. над св. вратами в южной стене иеродиакон Меркурий написал на железном листе картину «Явление отроку Варфоломею ангела Божия» с надписью: «На сем месте явился ангел Господень во образе инока отроку Варфоломею, иже и бысть Сергий, чудотворец Радонежский». 25 сентября 1892 г., когда праздновалось 500-летие преставления Сергия, праздничную литургию в Варницком монастыре совершил Угличский епископ Амфилохий (Сергиевский-Казанцев) в сослужении духовенства 22 храмов и пяти монастырей. В том же году при Варницком монастыре были устроены странноприимный дом и богадельня для престарелого духовенства Ярославской епархии, училище. Обители принадлежало несколько часовен при Московской дороге и при железнодорожной станции «Ростов».