Древнейшую чешскую литературу X–XI вв. он рассматривал как непосредственное продолжение великоморавской. Второе славянское Житие князя Вячеслава считал не переводом латинского текста, а особой редакцией, существенно дополненной славянскими книжниками XI в. (издал с комментариями в Сборнике старославянских литературных памятников о Вячеславе и Людмиле; Прага, 1929 г.). Йозеф Вашица занимался проблемой средневекового чешского перевода Библии, откомментировал все известные к тому времени чешские средневековые сборники евангельских чтений («Старочешские евангелиарии». Прага, 1931 г.). Исследовал чешский глаголитизм XIV–XV вв. (деятельность Эммаусского монастыря и его филиалов в Польше и Силезии) в связи с древнейшей эпохой чешской письменности. Выполненные им описания кириллических и глаголических рукописей чешских собраний (совместно с Йозефом Вайсом), Народной библиотеки и Славянской библиотеки (1953–1954 гг., опубликовано в 1995 г. в Праге), по мнению исследователей, страдают неточностью датировок, что искупается полнотой раскрытия их содержания. Перу Йозефа Вашицы принадлежит значительное число статей в церковной периодике 1920–1930 гг. о проблемах католицизма и церковной унии в славянских странах, связанных, как он считал, с кирилло-мефодиевской миссией и кирилло-мефодиевским наследием, о церковных памятниках и вопросах церковной жизни в Закарпатской (Подкарпатской, по чешской терминологии) Руси. Йозеф Вашица переводил на чешский язык со старославянского (Проглас Евангелия Кирилла (Константина) Философа, Житие, похвала и службы ему, Житие архиепископа Мефодия, Похвала Клименту, папе Римскому, Климента Охридского, «О письменах» Черноризца Храбра и др.), со старочешского (памятники барочной литературы) и русского («Размышления о Божественной литургии» Николая Васильевича Гоголя, «Уединённое», комментарии к Легенде о великом инквизиторе и другие произведения Василия Васильевича Розанова, Сергея Михайловича Соловьëва, Николая Фёдоровича Фëдорова, Петра Яковлевича Чаадаева, прозу и поэзию Константина Дмитриевича Бальмонта, Максимилиана Александровича Волошина, Зинаиды Николаевны Гиппиус, Михаила Алексеевича Кузмина, Осипа Эмильевича Мандельштама, Алексея Михайловича Ремизова и др.) языков.