В религиозной вере Карл Фридрих фон Вайцзеккер выделял в качестве ведущего элемента не определение истинности каких-либо утверждений, а доверие, т.к. оно не ограничено только мышлением, а охватывает всю личность человека целиком. Не интеллектуальная гарантия истинности, но экзистенциальная надёжность доверия даёт, с точки зрения Карла Фридриха фон Вайцзеккера, религиозной вере её силу, делает её незаменимой в жизни человека. Наука же в современном мире вызывает у многих такое же доверие, как и вера откровения с её чудесами, благодаря достижениям медицины, химии, физики и т.д. Хотя наука и не является религией, но, тем не менее, имеет своих профессиональных служителей («жрецов») – учёных. Карл Фридрих фон Вайцзеккер называет их «посвящёнными»: они узнают друг друга, потому что признают истинным одно и то же. Таким образом, Карл Фридрих фон Вайцзеккер пытался показать, что наука играет в жизни современного общества ту роль, которую до её появления играла религия, но в настоящее время наука не способна занять место религии. Наука – оружие, которое может стать опасным в преступных или неопытных руках; её последствия неоднозначны: решая одни проблемы, она создаёт другие, ещё более сложные. Наука, говорил Карл Фридрих фон Вайцзеккер, не может заменить религию, но должна быть органически связана с христианскими убеждениями. Люди, занимающиеся наукой, должны нести моральную ответственность за свои действия. В 1959–1966 гг. Карл Фридрих фон Вайцзеккер прочёл цикл лекций в университете в Глазго (Шотландия), уделив основное внимание процессу секуляризации, его сущности и последствиям для христианства. Современный мир, считал он, является продуктом секуляризации, но многим обязан христианству. Только в христианстве человек становится по-настоящему свободным: Бог даёт ему эту свободу и называет сыном; как сын Божий он обретает власть над миром. В своём понимании секуляризма Карл Фридрих фон Вайцзеккер опирался на Фридриха Гогартена и заключал, что теологически секуляризм можно рассматривать как ересь, т.к. часть истины вырывается из целостной истины христианства и абсолютизируется. Однако продолжающаяся секуляризация общества требует, с точки зрения Карла Фридриха фон Вайцзеккера, новой интерпретации христианства, т.е. придания ему формы, в которой оно было бы приемлемо для мышления, формируемого наукой. Христианство должно быть объяснено в понятиях, доступных научному мышлению, но в то же время наука должна быть критически осмыслена и с помощью христианства должна преодолеть притязания на обладание абсолютной истиной в тот или иной момент развития. Карл Фридрих фон Вайцзеккер считал, что религия возможна там, где за пределами обыденной жизни выявляется величие Божье, теология же требуется там, где физика доходит до своих пределов, т.е. до границ понятийного мышления, и тем самым полагает апофатическое богословие. Современное естествознание стало возможным только на почве христианской веры; вся наука, включая современную технику, была подготовлена теологией. Если для христианина, говорит Карл Фридрих фон Вайцзеккер, всё создано Богом, то и человек, сотворённый по Его образу и подобию, может постичь сотворённые вещи и материальный мир в целом. Так, вера в законообразный характер природных процессов оказывается у Карла Фридриха фон Вайцзеккера связанной с христианской верой в сотворение мира Богом и приводит его к утверждению, что основная задача науки состоит в том, чтобы выявлять величие Божье.