В духовном завещании (1363 г.) игумена Великой лавры Иакова Трикаты, приверженца Григория Паламы, содержались нравственные наставления братии, сопровождавшиеся исповеданием веры и конечным призывом: «Спасайтесь, отцы мои святые, спасайтесь, и паки реку, спасайтесь». В 1367 г. лаврский монах Прохор, брат государственного деятеля Димитрия Кидониса, был изгнан из Великой лавры за опровержение богословской системы Григория Паламы с точки зрения латинского богословия и осуждён на Константинопольском соборе 1368 г. С середины XIV в. сербские правители стали одними из основных жертвователей монастыря. В 1347 г. Стефан Душан, совершив паломничество в Великую лавру, подтвердил её имения своим хрисовулом, а также пожаловал монастырю в полное владение землю в деревне Сидирокавсия и 300 иперперов (т.е. номисм) годового дохода от владений в Хрисополе и монастыря Богородицы в Элевсе. На эти средства содержалась монастырская больница. Кроме того, Великой лавре отошёл годовой доход от литейной мастерской в сёлах Трилису и Вронду. Супруга Стефана Душана Елена подарила Великой лавре монастырь Всех святых. Благодеяния Великой лавре продолжали оказывать сербский король Стефан V Урош (хрисовул 1361 г.) и деспот Стефан Лазаревич (хрисовул 1407 г.). В 1367 г. Константинопольский патриарх Филофей Коккин завещал Великой лавре подворье великомученика Димитрия недалеко от ворот Платея в Константинополе. Сохранился документ (питтакий) императора Иоанна V Палеолога (1341–1391 гг.), в котором он просил епископа Трапезундского Феодосия оказать финансовую помощь Великой лавре (около 1370 – 1391 гг.). В конце XIV в. из-за опустошительных пиратских набегов и войн, в которые была вовлечена Византия, монастырь начал приходить в упадок, причём не только экономический, но и духовный. Вместе с сокращением числа братии произошло ослабление дисциплины монашеской жизни. Общежительный устав был упразднён в конце XIV в., и обитель стала особножительным (идиоритмическим) монастырём с особым «лаврским» (согласно четвёртому Типикону) уставом, подобным уставу палестинских лавр. По свидетельству русского путешественника Игнатия Смолянина (1396–1402 гг.), в самом монастыре было восемь церквей, 13 – в его окрестностях и 20 – в отдалённых монашеских поселениях, принадлежащих Великой лавре. Из ныне существующих он упоминает Кавсокаливии, Керасью, Милопотам, келлию Петра Афонского и других и подвизавшихся в них старцев. Несмотря на материальное неблагополучие, в конце XIV в. Великая лавра содержала трапезную для бедных и больницу для прокажённых недалеко от храма св. Бессребреников. В первой половине XV в. Великая лавра не получала значительных новых дарений; прежние владения и привилегии монастыря подтверждали император Иоанн VII (хрисовул 1404 г.), император Иоанн VIII (простагма 1428 или 1443 г.), деспот Димитрий II Палеолог (1429 г.). Игумен Великой лавры Моисей в числе трёх представителей Афона присутствовал на Ферраро-Флоретнийском соборе, где обсуждалась церковная уния (1438–1439 гг.). Он и представитель Ватопеда Дорофей подписали буллу папы Евгения IV (1431–1447 гг.), утверждавшую унию церквей, однако большинство афонских монастырей не признали её и остались верными православию. Монахи Великой лавры и Ватопеда также вскоре отвергли определения Ферраро-Флорентийского собора и примат папы.