10 декабря 1255 г. папа Александр IV повелел епископам Осера и Орлеана высказать своё мнение относительно деятельности Вильгельма из Сент-Амура, после чего отстранил его от всех академических и церковных должностей и запретил впредь преподавать и проповедовать, а также потребовал от короля Людовика IX Святого (1226–1270 гг.) изгнать его из Франции. 31 июля 1256 г. Вильгельм из Сент-Амура предстал перед судом епископов Санса и Реймса. Он пообещал исключить из своих работ всё, что противоречит церковным установлениям, но вместо этого в соавторстве с другими парижскими магистрами в марте-сентябре 1256 г. составил вызвавший большой резонанс резкий памфлет под названием «Tractatus brevis de periculis novissimorum temporum» («Краткий трактат об опасностях новейших времён»), в котором, обвиняя братьев нищенствующих орденов во лжи и ханжестве, снова заявил, что они подражают, скорее, Антихристу, чем Христу, Который, как и апостолы, жил своим трудом, а не милостыней и подаянием. Работа подверглась осуждению папы, приговорившего её к сожжению. Желая оправдаться, Вильгельм из Сент-Амура лично прибыл в Рим в конце 1256 – начале 1257 гг., где представил в свою защиту сочинение «Casus et articuli super quibus accusatus fuit magister Guillelmus de Sancto Amore» («Проступки и положения, за которые был обвинён Вильгельм из Сент-Амура»), но папа во второй раз осудил его сочинения и поступки. Во время аудиенции Вильгельм из Сент-Амура упрекнул Людовика IX в том, что тот ведёт себя не как король, но как нищенствующий монах – по королевскому указу Вильгельм из Сент-Амура был выслан из Франции и поселился в Сент-Амуре, находившемся в юрисдикции Римско-Германской империи. Изгнание Вильгельма из Сент-Амура вызвало возмущение секулярных магистров Парижского университета. 11 августа 1259 г. они направили делегацию к папе, чтобы убедить его отменить решение, но их просьба была отклонена; также было отвергнуто обращение к королю. В ссылке Вильгельм из Сент-Амура написал трактат «Collectiones catholicae et canonicae scripturae» («Собрания католических и канонических писаний»). В 1266 г. папа Климент IV (1265–1268 гг.) отметил, что его содержание мало чем отличается от осуждённого трактата 1256 г. Кроме того, несмотря на официальный запрет продолжать спор с нищенствующими орденами, Вильгельм из Сент-Амура вёл активную переписку с коллегами по Парижскому университету – Герардом из Абвиля, Николаем из Лизьё и др. В конце 1266 г. ему, вероятно, было позволено вернуться во Францию, однако скончался он в Сент-Амуре. Против взглядов Вильгельма из Сент-Амура были составлены сочинения Бонавентуры «Quaestiones disputatae de perfectione evangelica» («Спорные вопросы о евангельском совершенстве»), Фомы Аквинского «Contra impugnantes Dei cultum et religionem» («Против нападающих на Божественный культ и религию»), и Иоанна Пеккама «Tractatus pauperis» («Трактат бедняка»).