В начале декабря 1927 г. от имени группы сторонников митрополита Иосифа (Петровых) подготовил обращение к митрополиту Сергию с предложениями «отказаться от намечающегося курса порабощения Церкви государством», не перемещать и не назначать епископов без их согласия и одобрения паствы, объявить Синод совещательным органом при Заместителе Патриаршего Местоблюстителя, «удалить из состава Синода пререкаемых лиц», «возвратить на Ленинградскую кафедру митрополита Иосифа», отменить возношение за богослужением имени Заместителя Патриаршего Местоблюстителя, а также молений за гражданскую власть и разрешить поминовение ссыльных епископов, митрополитов. 14 декабря митрополит Сергий составил ответ на обращение В.М. Верюжского, в котором разъяснил свою позицию по данным вопросам и объявил, что «отказаться от курса церковной политики... было бы с моей стороны не только безрассудно, но и преступно». 26 декабря 1927 г. в числе других иосифлян В.М. Верюжский присутствовал на собрании, состоявшемся на квартире Гдовского епископа Димитрия (Любимова), во время которого был провозглашён «Акт о разрыве с митрополитом Сергием». 30 декабря вместе с другими клириками, присоединившимися к «Акту», был запрещён в священнослужении временно управляющим Ленинградской епархией Петергофским епископом Николаем (Ярушевичем). Однако наложенному прещению В.М. Верюжский не подчинился, и возглавляемый им храм Воскресения Христова стал центром иосифлянства в Ленинграде. Он не разделял мнения крайних иосифлян о неблагодатности таинств Московской патриархии. 3 декабря 1929 г. В.М. Верюжский был арестован по обвинению в принадлежности к «контрреволюционной группе защиты истинного православия», до августа 1930 г. содержался в одиночной камере. 3 августа 1930 г. приговорён к десяти годам лагерей. По постановлению коллегии ОГПУ от 7 апреля 1932 г. пребывание в Свирьском исправительно-трудовом лагере было заменено ссылкой, и 7 сентября того же года В.М. Верюжский был выслан в Архангельск. С августа 1936 г. находился в ссылке в городе Каргополе, 3 декабря 1939 г. освобождён, прибыл в Ленинград, но к служению не приступал. Постановлением ОСО при МГБ СССР от 15 марта 1947 г. был реабилитирован. В 1946 г. принёс покаяние в расколе и был принят в общение с Русской православной церковью. 5 июня 1947 г. впервые в советский период был удостоен степени доктора церковной истории за сочинение «Происхождение греко-болгарского церковного вопроса и болгарской схизмы: Опыт церковно-исторического исследования». С 21 февраля 1951 г. преподавал в Ленинградской духовной академии, где был профессором и заведующим кафедрой византологии и истории славянских церквей. Отпевание В.М. Верюжского, состоявшееся 3 марта 1955 г. в академическом храме, совершил митрополит Ленинградский и Новгородский Григорий (Чуков) в сослужении клириков Ленинградских духовных школ. Погребён на Большеохтинском кладбище Санкт-Петербурга.