В пол под сенью на месте царской гибели были вмонтированы части решётки Екатерининского канала и камни булыжной мостовой. Общая стоимость сени почти равнялась стоимости строительства всего храма. Царские врата были отчеканены из серебра на фабрике Ивана Петровича Хлебникова, мозаичные иконы в них по эскизам Н.А. Бруни выполнила мастерская В.А. Фролова, в иконостасе (по эскизам В.М. Васнецова и М.В. Нестерова) – мастерская Академии Художеств. Большая икона князя Александра Невского в северном киоте создана по эскизу М.В. Нестерова; иконы Пресвятой Богородицы с Младенцем и Спасителя в главном иконостасе – В.М. Васнецова. Утварь была сделана по рисункам С.Ф. Комарова на фирмах И.П. Хлебникова и В.А. Фролова; двухпудовый оклад из серебра с эмалевыми вставками для напрестольного Евангелия изготовила мастерская Павла Акимовича Овчинникова. Серебряную дарохранительницу в виде уменьшенной копии храма сделали в Костроме, другую, из яшмы и орлеца, – в Екатеринбурге. Стоимость строительства (здание было полностью электрифицировано, снабжено калориферным отоплением и вентиляционной системой), продолжавшегося 24 года (3 млн. 600 тыс. руб.), оказалась превышена на 1 млн. руб. из-за замены живописи мозаикой, дороговизны сени и случаев финансовых злоупотреблений. Благоустраивалась и прилегающая территория: при слиянии Екатерининского канала с рекой Мойкой в 1905–1907 гг. построили три дома с квартирами для служителей (сохранился один). От Михайловского сада храм отделяет кованая железная решётка (проект А.А. Парланда, завод «Карл Винклер», 1903–1907 гг.). В 1906–1907 гг. к северу от собора по проекту А.А. Парланда была построена ризница для хранения и показа многочисленных пожертвований. При входе размещалась часовня Иверской иконы Божьей Матери (освящена 27 апреля 1908 г.). К собору были приписаны две часовни: Громовская (упразднена после 1892 г.) и князя Александра Невского в ограде Летнего сада (1866–1867 гг., архитектор Роман Иванович Кузьмин, художники Тимофей Андреевич Нефф и Евграф Семёнович Сорокин), на месте первого покушения на императора Александра II (4 апреля 1866 г.). Собор Воскресения Христова стал образцом синтеза искусств, программным произведением «русского ренессанса», во многом определившим характер церковного строительства 1880–1900 гг. Благодаря сдержанной цветовой гамме фасадов, строгой симметричной композиции храм вписался в традиционный облик северной столицы и внёс древнерусский, московский акцент в панораму города, обозначив существенный этап «архитектурной русификации» Санкт-Петербурга. Собор Воскресения Христова имел символическое значение как отражение идеи уподобления царя земного Царю Небесному: мученическая кончина царя-освободителя сопоставлялась с искупительной Крестной смертью Спасителя. Смысловым центром храма с западной стороны стало обозначенное Распятием место убийства царя («Голгофа для России»), поэтому архитектура собора ассоциируется с образом храма Гроба Господня в Иерусалиме (Воскресения Христова). Собор Воскресения Христова, построенный на казённые и народные средства, стал воплощением симфонии церкви и императорской власти, что подчёркивали памятные доски, сочетание в убранстве колокольни гербов всех русских земель с двуглавыми орлами на входных шатрах и гербом царствующей династии. На фронтоне Александро-Невской часовни была надпись бронзовыми буквами: «Не прикасайся к Помазаннику Моему».