По благословению Варсонофия к пятилетнему (1996 г.) и десятилетнему (2001 г.) юбилеям епархии был осуществлён ряд изданий духовно-просветительского, этнографического и исторического характера, освещающих деятельность духовенства и мирян Мордовии. В настоящее время ведётся работа по переводу Священного Писания и богослужебных текстов на мордовский язык. С 1992 г. регулярно проводятся памятные вечера, посвящённые подвижникам благочестия. В июне 1993 г. в Санаксарском темниковском мужском монастыре прошли VII Серафимовские общеобразовательные чтения, в которых участвовали представители духовенства, научной интеллигенции не только Мордовии, но и других регионов России. При непосредственном участии Варсонофия в Саранской епархии подготовлены канонизации Феодора (Ушакова) в 1999 г., праведного Феодора Ушакова, адмирала, племянника преподобного Феодора, в 2002 г., праведного Филарета Ичкаловского в 1999 г. Варсонофий награждён орденами РПЦ равноапостольного князя Владимира третьей степени (1988 г.), преподобного Сергия Радонежского третьей (1981 г.) и второй степени (2001 г.), медалями преподобного Сергия Радонежского второй (1980 г.) и первой (1985 г.) степени, государственным орденом Дружбы (2002 г.), почётной грамотой Республики Мордовии (1995 г.). Определением Священного Синода от 31 марта 2009 г. Варсонофий назначен исполняющим обязанности управляющего делами Московской патриархии; 25 декабря 2009 г. утверждён в этой должности. 27 мая 2009 г. решением Священного Синода назначен председателем Наградной комиссии при Патриархе Московском и всея Руси. 1 февраля 2010 г. возведён в сан митрополита. 6 октября 2011 г. решением Священного Синода назначен главой новообразованной Мордовской митрополии. 4 октября 2012 г. утверждён священноархимандритом Саранского Иоанно-Богословского монастыря. 19 марта 2014 г. переведён на Санкт-Петербургскую и Ладожскую кафедру и назначен главой Санкт-Петербургской митрополии, постоянным членом Священного Синода с временным сохранением за ним должности управляющего делами Московской патриархии.