2 августа 1922 г. Варсонофия арестовали по обвинению в «контрреволюционной агитации» и поместили в казанскую пересыльную тюрьму (на время ареста Варсонофий состоял заведующим библиотекой Центрального архива Татарской АССР, где, по его словам, работал библиотекарем уже пять лет). По постановлению Комиссии НКВД по административным высылкам от 25 ноября 1922 г. был выслан на три года в Нарымский край, жил в Томской области, в 1926 г. вернулся в Казань. 12 апреля 1926 г. по ходатайству духовенства и верующих Варсонофий был хиротонисан во епископа Спасского, викария Казанской епархии (носил этот титул до июля 1930 г.). В 1926 – начале 1930 гг. неоднократно исполнял поручения Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского): в 1926 г. ревизовал Иркутскую епархию, в 1927 г. временно управлял Вятско-Ижевской епархией, с 24 апреля 1929 г. – Иркутской епархией. С августа 1930 г. был Приморским и Владивостокским епископом. 25 мая 1931 г. арестован во Владивостоке, проходил по делу «О контрреволюционной деятельности тихоновского духовенства и монашества Дальневосточного края» вместе с Хабаровским епископом Пантелеимоном (Максуновым). Обвинялся в том, что, «являясь представителем духовенства тихоновской ориентации и руководителем епархии, идейно вдохновлял и руководил помощью политическим заключённым... допускал организацию нелегальных женских монастырей, поддерживал и идейно руководил, в том числе и «Одигитриевским» монастырём во Владивостоке... изготавливал и распространял религиозные листовки контрреволюционного содержания... проводил антисоветскую агитацию». Варсонофий виновным себя не признал, по постановлению тройки при Полномочном представительстве ОГПУ Дальневосточного края от 15 февраля 1932 г. был приговорён к десяти годам заключения в концлагере, отбывал срок в Беломоро-Балтийском лагере (разнорабочим на общих работах). 25 августа 1932 г. арестован в лагере, обвинён в создании «контрреволюционной группировки, ставившей своей задачей организацию вооружённого восстания заключёнными в лагерях, с последующим захватом территории Карелии, установление связи с Финляндией и оказание помощи международной буржуазии в борьбе против СССР». Виновным себя не признал. Коллегия ОГПУ на заседании 23 февраля 1933 г. постановила перевести Варсонофия на год в штрафизолятор, отбывал наказание в Онежском леспромхозе управления Беломоро-Балтийского исправительно-трудового лагеря. С сентября 1936 г. работал бухгалтером финансовой части. За «антисоветскую агитацию» лишён зачётов рабочих дней за всё время пребывания в лагере. Обвинён в участии «в контрреволюционной группе», которая «сознательно подрывала экономическое состояние леспромхоза», и в «антисоветской агитации среди заключённых». Виновным себя не признал. Расстрелян по постановлению тройки НКВД Карельской АССР от 9 сентября 1937 г.