Вениамин согласился и возглавил созданное из «инициативной группы прогрессивного духовенства» епархиальное управление, обратившееся с воззванием к рязанскому духовенству, в котором говорилось о лояльности к гражданской власти, и выражалась надежда на грядущий Собор, долженствовавший внести «обновление и оздоровление» в церковную жизнь. Летом 1922 г. епископ Антонин (Грановский) обратился с конфиденциальным письмом к архиереям старого поставления, призывая их выступить с протестом против возглавляемой Владимиром Дмитриевичем Красницким «Живой церкви», в защиту монашества. В ответном письме епископу Антонину Вениамин выразил одобрение его идеям. 29 апреля 1923 г. в храме Христа Спасителя открылся обновленческий «II всероссийский собор православной церкви», главной задачей которого, поставленной перед обновленцами властями, было «низложение» патриарха Тихона, находившегося с 9 мая 1922 г. под арестом. Несмотря на то, что Вениамин по болезни не принимал участия в работе «собора», он был избран почётным членом президиума, его подпись стоит одной из первых под решением о «низложении» Тихона. Сразу после освобождения патриарха 25 июня 1923 г. Вениамин приехал в Москву, со слезами приветствовал первосвятителя и, вернувшись в Рязань, издал указ о присоединении к патриарху и начал поминать его за богослужением. 29 июля 1923 г. был исключён из обновленческого рязанского епархиального управления. 5 августа у Вениамина произвели обыск, архиерей был арестован и увезён в Москву. 8 августа он уже участвовал в заседаниях обновленческого синода. 9 августа обратился к рязанской пастве с воззванием, в котором уведомлял о том, что «бесповоротно решил идти навстречу церковно-обновленческому движению», и призывал следовать за ним. В Рязань не вернулся, в сентябре был назначен временно управляющим обновленческой Ярославской епархией, впоследствии утверждён на этой кафедре, возведён в сан «митрополита» (в конце 1923 г.). С самого начала существования обновленческого синода входил в его состав: сначала как член президиума, председатель миссионерского отдела, а с 1924 г. являлся председателем синода. В начале января 1924 г. Вениамин приехал в Петроград. Тотчас после его прибытия лидер живоцерковников В.Д. Красницкий, незадолго до того одержавший в городе временную победу в своей борьбе с монашеством и архиерейством, был изгнан из Казанского собора, и обновленческая Петроградская епархия была официально восстановлена. В феврале 1924 г. Вениамин был утверждён «митрополитом ленинградским». Жил преимущественно в Москве, фактически епархией управлял Николай Фёдорович Платонов (впоследствии обновленческий «митрополит»). По воспоминаниям А.И. Кузнецова, относящимся к тому времени, Вениамин «служил отлично, в сочетании истовости, солидной простоты и величавости. Высокого роста, в меру полный, весь седой, с правильными чертами лица, с очень спокойной манерой и неторопливой походкой... (Вениамин) был строгим монахом, кристально честным человеком...». «...За свою нравственную чистоту он пользовался большим уважением не только со стороны обновленцев, но и со стороны староцерковников».