Открыть Собор было постановлено 12 января 1918 г. Председателем созданной для его подготовки Предсоборной рады стал Екатеринославский и Мариупольский епископ Агапит (Вишневский), товарищем председателя – представитель ВПЦР священник Александр Марычев. Правительство Центральной рады не финансировало проведение Собора, что впоследствии помогло избежать давления с его стороны. По распоряжению митрополита Владимира деньги были выделены церковью: 20 тыс. руб. – из кассы свечного завода, 5 тыс. руб. – из средств Златоверхого киевского во имя архангела Михаила монастыря, 1 тыс. руб. – из кассы киевского в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастыря. Когда ВПЦР обратилась к киевским монастырям с соответствующей просьбой, епископ Никодим (Кротков) потребовал передавать выделяемые средства Предсоборной раде, которая использовала их для финансирования начального этапа Собора. Митрополит Владимир оплатил проезд делегатов из Киева домой после вынужденного прекращения заседаний первой сессии ВПЦС 21 января 1918 г. Ввиду поспешности, с которой был организован Всеукраинский Собор, его программа не была разработана, вопросы формулировались в ходе заседаний. Первая сессия Собора открылась 7 января 1918 г. (однако уже 31 декабря вышел в свет первый номер издания «Вiстi з Украïнського Православного Церковного Собору») при наличии 279 участников. Выборы в Полтаве и Херсоне провести не удалось, в Киев не приехали некоторые делегаты из восточных областей Украины, где шли военные действия. Несмотря на отсутствие кворума, собравшиеся решили начать работу. 7 января в соборе Святой Софии в Киеве был отслужен торжественный молебен. Богослужение возглавил митрополит Владимир, который затем обратился с приветственным словом к участникам Собора. Митрополит Платон на правах личного представителя патриарха Тихона от его имени объявил Собор открытым. В первый день работы Собора иерархи провели суд над архиепископом Алексием (Дородницыным), которого патриарх неоднократно вызывал в Москву и который по совету членов ВПЦР игнорировал эти приглашения; за непослушание священноначалию и нарушение канонов церкви архиепископ Алексий был извержен из сана. 8–11 января состоялись выборы президиума и комиссий Собора. Митрополит Владимир был избран почётным председателем; при выборах председателя наибольшее число голосов (109) в первом туре набрал митрополит Антоний (Храповицкий), во втором туре председателем избрали Балтского епископа Пимена (Пегова), викария Подольской епархии. Товарищем председателя стал епископ Димитрий (Вербицкий). В президиум Собора вошли: епископ Черниговский Пахомий (Кедров), священники Александр Марычев и Евгений Капралов, дьякон А. Дурдуковский, псаломщик С. Баваровский, миряне профессор Фёдор Иванович Мищенко, И. Черниенко, П. Янченко и Ястребцов. В Соборную раду были избраны: Екатеринославский архиепископ Агапит (Вишневский), священник Иаков Ботвиновский, профессора Василий Васильевич Зеньковский, Михаил Погребной и М. Заболотный.