Поморцы многих регионов России на Выге заказывали заздравные молебны и заупокойные службы по своим родственникам. В «Росписи панихидам», совершавшимся в выговских часовнях в конце XVIII – начале XIX в., записаны семьи старообрядцев из Санкт-Петербурга, Москвы, Ярославля, Рыбинска, Петрозаводска. Период с 1830 гг. по 1857 г. – заключительный в истории Выголексинского общежительства. Хотя в это время пустынью руководил известный деятель Фёдор Петрович Бабушкин (1830–1842 гг.), жёсткие меры правительства императора Николая I, направленные на «искоренение раскола», резко ухудшили положение общежительства. В 1828 г. было запрещено пополнение старообрядческих монастырей и селений путём приписки к ним людей в ревизию. В 1836 г. выговцы утратили право именоваться отдельным обществом и приобретать на своё имя недвижимость, в 1837 г. – принимать беспаспортных и приходивших из других губерний, проводить богослужения в «ветхих часовнях» (которые не дозволялось ремонтировать), не разрешался колокольный звон, в 1838 г. вышло запрещение переписывать и распространять книги. Статистические данные показывают резкое сокращение в этот период числа насельников Выголексинского общежительства и их имущества. По данным Николая Яковлевича Озерецковского, в 1785 г. в Выголексинском общежительстве числилось 1115 насельников и 700 работников. В 1828 г. в Выговском сузёмке проживало свыше 2,8 тыс. человек. В пользовании общежительства находилось свыше 800 десятин пахотной земли, доходы Выголексинского общежительства в это время составляли до 200 тыс. руб. в год. По восьмой ревизии 1834 г., записных старожилов в Данилове и Лексе числилось 70 душ мужского пола и 520 женского, по девятой ревизии 1850 г. – соответственно 20 и 252. В 1839 г. были ликвидированы пашенные дворы, числившиеся в них 16 человек приписаны к Данилову и Лексе. В 1854 г. началось выселение жителей Выголексинского общежительства, не приписанных сюда по ревизии. Уехали 192 человека, ещё 150 человек вывезли с большим трудом по причине их старости и болезни. В апреле 1856 г. были закрыты и запечатаны столовые-моленные на женской улице на Выге (бывший Коровий двор) и на мужской улице на Лексе, 7 мая 1856 г. – выговская Богоявленская соборная часовня, 3 июня 1857 г. – лексинская Крестовоздвиженская соборная часовня. Имущество часовен было описано, частично утрачено, частично стало передаваться в единоверческие церкви Петрозаводского уезда, в 1862 г. оставшееся вывезено в Петрозаводск, размещено в подвалах архиерейского дома. Отдельные иконы из выговского собрания в настоящее время хранятся в Карельском музее изобразительных искусств. Выговская пустынь являлась единственным крупным организационно оформленным центром старообрядцев-беспоповцев, сохранявшимся на протяжении более полутора столетий. На исключительное значение Выга в истории старообрядчества указывает то, что с последней четверти XVIII в., после изменения содержания внутристарообрядческой полемики, многие беспоповские согласия (в частности, федосеевское) начинают включать Выговскую пустынь времён братьев Денисовых в родословия своих согласий.