Источники конца XVII в. свидетельствуют о сложившемся к этому времени на Выге почитании старообрядческих мучеников и их мощей, об отсутствии моления за царя, о существовании обряда причащения Богородичным хлебом, об особенном совершении таинства крещения и обряда погребения. Выговские наставники и жившие в поселении иеромонахи отправляли требы для местных жителей – крестили, исповедовали, причащали. В дискуссиях с федосеевцами, которые вели в первые годы XVIII в. Андрей Денисов, Леонтий Федосеев и другие выговцы, получили обоснование главные пункты разделения этих двух крупнейших направлений беспоповства: вопросы о браке, о «торжищном брашне» (продуктах, покупаемых на рынке) и о титле на Кресте Христовом. Первый период истории Выголексинского общежительства, до начала 1710 гг., был для выговцев одним из самых трудных. В 1698 г. выговцы обсуждали проекты перехода из государственных крестьян в помещичьи и переселения в нижегородские земли. Затяжные неурожаи и голод в 1705–1712 гг. заставили искать более подходящие места хотя бы в Поморье. В 1713 г. была предпринята последняя попытка переселения – в более плодородные каргопольские земли. Укреплению общежительства способствовали значительный рост численности жителей сузёмка (в 1698 г. – около 2 тыс., помимо коренных жителей это были выходцы из Москвы, Поволжья, Новгорода, Архангельска, Великого Устюга) и поддержка со стороны местных крестьян. К концу XVII в. Выголексинское общежительство располагало обширным хозяйством: были распаханы пашни по обоим берегам Выга, имелись две мельницы, большое поголовье скота, были организованы различные ремёсла, рыбные и звериные морские промыслы на Кольском полуострове и в Поморье, торговля в Архангельске, Москве, других городах, закупки хлеба в Поволжье и доставка его в северные районы, позже в Санкт-Петербург. В дальнейшем хозяйство Выга расширялось. Быстрому развитию Выголексинского общежительства способствовало изменение отношения государства к старообрядчеству. Хотя провозглашённая Петром I в 1702 г. веротерпимость в отношении последователей «старой веры» имела существенные ограничения, тем не менее, она дала возможность легализовать существование поморского центра. Указом за подписью губернатора Ингерманландии Александра Даниловича Меншикова, данным в сентябре 1704 г., признавалось право общины жить «по книгам московской печати давних лет выходов» и в то же время предписывалось быть «во всяком послушании, как и прочих погостов жители». В ходе проводившейся в 1704–1705 гг. приписки крестьян Олонецкого уезда к Олонецким горным заводам выговцы были приписаны к Повенецкому заводу (в 1727 г. передан в частное владение); выговцев, учитывая их опыт рудознатцев, обязали к изысканию и подъёму руды. Указом 7 сентября 1705 г. Выголексинское общежительство было признано самостоятельной хозяйственной единицей, имеющей выборного старосту и его помощника; была обещана защита от всякого «утеснения», что нашло подтверждение в указах А.Д. Меншикова и Петра I 21 июля 1710 г., 12 мая 1711 г. и 5 марта 1714 г., ограждавших выговцев от притеснений со стороны светских и духовных властей.