Новое собрание принципиально отличалось от всех предыдущих: состоя преимущественно из мирян (даже первые наставники общежительства (Викулин, братья Денисовы, Прокопьев) монашеский постриг не принимали; по первой переписи (1723 г.), во всём старообрядческом сузёмке числилось 11 монахов), оно было устроено по типу общежительного монастыря. Идея подобной организации принадлежала иноку Корнилию (поэтому он особо почитался на Выге), именно в беседах с ним Даниила Викулина, Андрея Денисова и Захария Дровнина определился выговский путь спасения «старой веры». В новом поселении действовали принципы монастырской киновии: общая молитва, общая трапеза, общее имущество. Проводя в жизнь принцип раздельного проживания мужчин и женщин, основатели пустыни выстроили обитель для женщин: сначала неподалёку от Выговской (так называемый Коровий двор), в 1706 г. – на новом месте, в 20 верстах на реке Лексе с часовней в честь Воздвижения Креста Господня (Лексинское Крестовоздвиженское общежительство, его первой настоятельницей стала сестра Андрея и Семёна Денисовых Соломония). Для организации внутренней жизни Выголексинского общежительства основатели воспользовались уставами Соловецкого, Кириллова Белозерского, Троице-Сергиева и Иосифова Волоколамского монастырей, выписки из уставов этих обителей встречаются уже в ранних выговских сборниках. Традиции древнерусской монастырской жизни Выг впитывал не только через книги, но и благодаря монахам, покинувшим свои обители в результате неприятия богослужебных реформ и переселившимся на Выг. Выговские источники свидетельствуют о том, что общежитие и церковная служба на Выге были установлены иноком Пафнутием по чину и уставу Соловецкого монастыря. Андрей Денисов писал, что Выговская пустынь является непосредственной преемницей Соловецкого монастыря «яко благословением, тако чином и уставом». Постепенно выговцы выработали свой богослужебный устав, учитывающий отсутствие священства. Дисциплинарная часть выговского устава, сложившаяся в первые годы существования общежительства, получила письменную фиксацию в 1720–1730 гг. Согласно статьям, составленным братьями Денисовыми, в общежительстве были обязательны неукоснительное соблюдение принципа раздельного проживания мужчин и женщин, присутствие на церковной службе, исполнение келейного правила, повиновение настоятелю, отказ от личного имущества; осуждались излишества в одежде, пище, украшении икон. Руководство повседневной жизнью осуществляли келарь, казначей, нарядник, городничий; круг их обязанностей также был закреплён уставом. В 1702 г. соборным постановлением было проведено разграничение организационных и духовных дел в руководстве общиной: киновиархом пустыни выбрали Андрея Денисова, духовные дела остались в ведении Даниила Викулина. Вопросами церковной службы ведал уставщик (первым эту должность занимал Пётр Прокопьев). Выголексинское общежительство стало одним из главных идейных центров беспоповства. Здесь разрабатывались основные идеи этого направления в старообрядчестве: теория духовного антихриста, идея вынужденного отсутствия священства, определение «нужно-потребных» таинств (крещение и покаяние) и обоснование возможности их совершения «простецами», образование института духовного наставничества.