В 2004 г. священники с походным храмом выезжали на всеукраинские учения подразделений внутренних войск в Крыму. С 1998 г. священнослужители епархии окормляют заключённых в местах лишения свободы, в Винницкой городской тюрьме №1 действует храм во имя преподобного Алексия, человека Божия, в колонии в посёлке Стрижавка Винницкого района – храм во имя Николая Чудотворца. В Винницкой епархии активно действуют общественные православные организации. В 1994 г. было основано братство Нестора Летописца, в 2000 г. создана областная организация Всеукраинского объединения «Путь православных», в следующем году начала работу городская молодёжная организация, которая проводит активную благотворительную деятельность в винницком Доме малютки. Действуют молодёжная организация при кафедральном соборе, опекающая областную психиатрическую больницу, молодёжная организация «Диалог-центр», помогающая жертвам тоталитарных сект и деструктивных культов. В 2001 г. в Виннице начала работу городская ассоциация православных медиков. Общины городских храмов опекают детские дома, дом престарелых, помогают малоимущим прихожанам. Епархия принимает активное участие в областных и городских социальных благотворительных проектах. В июле 1993 г. в ознаменование 70-летия Калиновского чуда (неподалёку от станции Калиновка в 1923 г. от кощунственно простреленной металлической иконы Спасителя на деревянном придорожном кресте истекла кровь) был совершён крестный ход во главе с архиепископом Макарием от Преображенского собора Винницы к восстановленному кресту. 9 июля 1998 г. и 4 июля 2003 г. в честь 80- и 85-летнего юбилеев Калиновского чуда состоялись крестные ходы, в которых приняли участие тысячи верующих из Украины, России и стран СНГ. В браиловском Свято-Троицком женском монастыре находится Браиловская Ченстоховская икона Божьей Матери. В Успенском храме города Бар хранится Барская икона Божьей Матери. В селе Писаревка Калиновского района находится местночтимая Писаревская икона Божьей Матери. В 2000 г. на срезе дерева возле Воскресенского храма в Виннице был явлен крест, и зафиксированы случаи исцелений, над этим местом построена часовня. Монастыри: действующие – браиловский во имя Святой Троицы (женский, основан в 1635 г., в 1723 г. перешёл в унию, в 1795 г. воссоединён с православием, в 1932 г. закрыт, действовал в 1942–1962 гг., в 1989 г. возрождён), Иоанна Богослова (мужской, открыт в декабре 2001 г.), шаргородский во имя Николая Чудотворца (мужской, время основания неизвестно, в 1718 г. восстановлен униатами, в 1795 г. обращён в православный, закрыт в 1925 г., в 1992 г. возвращён церкви, до 1996 г. действовал как приходской храм), лядовский в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи, скальный (мужской, основан в XII в., разрушен в 1930 гг., возобновлён в 1998 г.); закрытые – бершадский в честь Преображения Господня (мужской, основан в 1616 г., восстановлен в конце XVIII в., закрыт после 1917 г.), Преображения Господня близ села Гранов (мужской, основан в XVII в. закрыт в 1930 гг.), барский в честь Покрова Пресвятой Богородицы (женский, основан в 1838 г. как мужской, с 1881 г. – женский, закрыт в 1962 г.); Александро-Мариинская женская пустынь близ села Рожок при браиловском Свято-Троицком монастыре (основана в 1795 г. на месте мужского монастыря, закрыта в 1923 г.).