Часть насельников поселились при приходских храмах, некоторые – в Верхотурье. Около десяти человек обосновались в скиту на Малом Актае, который монах Маврикий (Огородников) оформил в аренду на своё имя. С сентября 1927 г. скитом управлял иеромонах Келсий (Мотов). В феврале 1928 г. скит был разорён, иеромонах Келсий арестован, обвинён в «антисоветской деятельности» и осуждён на три года ссылки в Сибирь. Спустя некоторое время пять монахов, не подвергшихся аресту, вернулись в скит. К 1928 г. на территории верхотурского монастыря разместилась колония для малолетних преступников. В мае 1929 г. мощи праведного Симеона были направлены в музей Нижнего Тагила для антирелигиозной пропаганды, к 1936 г. они оказались в запасниках краеведческого музея Свердловска. В декабре 1929 г. архимандрит Ксенофонт вернулся из ссылки, в 1930 г. получил от Шадринского епископа Евсевия (Рождественского) назначение на приход в село Бродовское, после нескольких арестов скончался 14 января 1933 г. в Беломоро-Балтийском лагере. 15 февраля 1990 г. Преображенский, Крестовоздвиженский, Симеоно-Аннинский храмы, жилые и хозяйственные постройки монастыря были возвращены Свердловской епархии Русской православной церкви. 5 марта епархиальное управление направило в верхотурский монастырь иеромонаха Тихона (Затёкина) и послушника Алексея Горина для возобновления иноческой жизни, 1 октября иеромонах Тихон был назначен наместником монастыря с возведением в сан игумена. С 2000 г. наместником верхотурского монастыря был игумен Филипп (Ельшин). В 1991 г. в обители жили шесть насельников, в декабре 2003 г. – 24 монаха и 20 трудников. 18 октября 1990 г. Свердловский архиепископ Мельхиседек (Лебедев) освятил надвратную церковь во имя святых Симеона и Анны, 22 марта 1992 г. – восстановленный Преображенский храм, 19 августа 1999 г. – Крестовоздвиженский собор. Были отремонтированы настоятельский, братский и гостиничный корпуса, устроены столярная и швейная мастерские, создан церковный музей. В Преображенском храме с 25 сентября 1992 г. почивают мощи Симеона Верхотурского, с 1994 г. также мощи Арефы Верхотурского и схимника Илии (Чеботарёва). В Крестовоздвиженском соборе установлены три фаянсовых иконостаса. При обители действуют духовное училище и православная гимназия (открыты в 2001 г.), в которых в 2003 г. обучалось 27 человек. Священнослужители монастыря окормляют исправительно-трудовую колонию № 53 Верхотурья. Верхотурский монастырь имеет скит на территории бывшей Большеактайской заимки, подворья в селе Красногорском Верхотурского района и в деревне Харёнки Пригородного района Свердловской области, участок земли 26 га в селе Пия Верхотурского района. Обитель издаёт ежемесячную газету «Монастырский вестник», журнал «Верхотурская старина».