В июне 1919 г. вместе с отступавшей Белой армией эвакуировалась и братия, предварительно спрятав мощи праведного Симеона в обители, серебряную раку иноки увезли в Красносельский Введенский женский монастырь в Ирбитском уезде. Некоторые монахи ушли с Белой армией, большинство же во главе с архимандритом Ксенофонтом вскоре вернулись в верхотурский монастырь, раку также привезли в монастырь. В 1920 г. братия зарегистрировала монастырь как приходскую общину. 25 сентября 1920 г. состоялось ещё одно вскрытие мощей Симеона, вызвавшее протест верующих; мощи были опечатаны, паломничество к ним запрещено. Архимандрит Ксенофонт и иеродиакон Вениамин (Зыков) за противодействие комиссии, совершавшей вскрытие, были обвинены в «контрреволюционной деятельности» и приговорены к двум годам принудительных работ, в ноябре 1921 г. досрочно освобождены, 15 сентября следующего года архимандрит Ксенофонт вернулся в Верхотурье. В июне 1919 г. – феврале 1920 г. в верхотурском монастыре жили 93 человека, иноки содержали приют на 50 мальчиков, в апреле 1921 г. в обители оставались 43 монаха. В 1921 г. часть территории верхотурского монастыря была передана под пехотные курсы, 7 ноября в Николаевской церкви открылся гарнизонный клуб. В апреле-июле 1922 г. в ходе кампании по изъятию церковных ценностей из монастыря были вывезены многие предметы, в том числе и серебряная рака. Несмотря на запрет губернских властей, в 1920–1924 гг. паломничество к мощам праведного Симеона продолжалось, и в 1924 г. вновь было проведено вскрытие мощей святого. По договоренности с церковным советом мощи оставили в храме под стеклом – во избежание «заразы». В 1923 г. братия верхотурского монастыря отказалась подчиняться обновленческому Екатеринбургскому епархиальному управлению. На собрании 24 апреля 1924 г. насельники решили в административном отношении подчиняться церковному управлению Нижнетагильского округа, а в иерархическом – Кунгурскому епископу Аркадию (Ершову). В конце 1924 – 1925 гг. были арестованы шесть монахов верхотурского монастыря, среди них – архимандрит Ксенофонт, и шесть членов приходского совета, которых обвинили в «антисоветской агитации», выразившейся в противодействии обновленчеству. 20–22 октября 1925 г. Свердловский областной суд приговорил архимандрита Ксенофонта к двум годам лишения свободы и трём годам лишения права проживания в Уральской области, других иноков – к меньшим срокам, члены приходского совета были освобождены. После суда договор об аренде монастырских храмов с приходской общиной, в которой монахи числились «служителями культа», был расторгнут.