В 22 верстах от монастыря, на реке Малый Актай, монастырь владел другой заимкой, где были устроены кельи с домовой церковью в честь Казанской иконы Божьей Матери. К 1850 гг. число братии превысило штаты, и настоятель «ради совершения церковных служб», заказываемых многочисленными паломниками, ходатайствовал о возведении монастыря во второй класс, по которому в монастыре могли жить 18 насельников. 17 июня 1853 г. ходатайство было удовлетворено, но на дополнительные пять мест обитель жалованья не получила. В 1869 г. Пермский и Верхотурский епископ Антоний (Смолин) предложил ввести в верхотурском монастыре общежитие, но братия, получавшая казённое содержание в зависимости от сана и исполняемого штатного послушания, на это не согласилась. 1 января 1894 г. указом Святейшего Синода в верхотурском монастыре был введён общежительный устав. Для реформирования монастырской жизни были присланы иноки из Спасо-Преображенского Валаамского монастыря, один из них – иеромонах Иов (Брюхов) – после возведения в сан архимандрита стал настоятелем верхотурского монастыря. Его трудами в обители был введён общежительный устав Коневецкого монастыря, поставлен новый иконостас в Симеоновском приделе Никольского храма, заведено обширное хозяйство. 22 мая 1899 г. архимандрит Иов ушёл на покой, новым настоятелем был избран Арефа Верхотурский (ум. 15 мая 1903 г.), прибывший с архимандритом Иовом с Валаама. В период его настоятельства были построены два двухэтажных братских корпуса, заведены живописная, переплётная, ризошвейная, сапожная, столярная мастерские, малярная, хозяйственные службы, начато строительство здания для церковноприходской школы, систематизирован и описан монастырский архив. В 1913 г. монастырь был возведён в первый класс, к этому времени в обители жили 190 насельников. Среди братии почитался приехавший с Валаама схимник Илия (Чеботарёв). В 1894–1895 гг. он подвизался в лесу на реке Малый Актай, впоследствии на месте его подвигов жили старец-«простец» Евдоким Плёнкин и иеромонах Дамиан (Лисицин). В 1911 г., после смерти иеромонаха Дамиана, Малоактайский скит был приписан к верхотурскому монастырю, в 1912 г. в скиту жили один иеромонах и пять послушников. Последним настоятелем верхотурского монастыря перед закрытием обители стал в 1905 г. архимандрит Ксенофонт (Медведев). При нём был построен крупнейший в епархии храм (66 м в длину, 53 м в ширину и высоту, вмещал 4 тыс. человек), главный престол которого был освящён 11 сентября 1913 г. Екатеринбургским епископом Митрофаном (Афонским) в честь Воздвижения Креста Господня. \