20 июня Временное правительство приняло постановление об объединении учебных заведений разных ведомств (в том числе церковноприходских школ, которых насчитывалось тогда 37 тыс.) в ведомстве Министерства народного просвещения. Постановление наносило РПЦ тяжёлый удар, т.к. она утрачивала влияние на народное образование и теряла значительное имущество. Это вызвало протест со стороны Синода, который предлагал отложить окончательное решение вопроса до Учредительного собрания. Дебатировался и вопрос о преподавании Закона Божия в государственной школе. Государственный комитет по народному образованию подготовил законопроект о преподавании Закона Божия в учебных заведениях Министерства народного просвещения. Согласно проекту, во всех заведениях, кроме высших, обеспечивалась возможность обучаться Закону Божию, но обучение этому предмету не являлось обязательным. Частным же лицам и обществам предоставлялось право открывать учебные заведения без преподавания данного предмета. Синод в обращении к Временному правительству от 28 июня 1917 г. предлагал вопрос о коренных изменениях в положении преподавания религии в школах вынести на обсуждение Учредительного собрания. Важное место в деятельности РПЦ при Временном правительстве занимали подготовка и созыв Поместного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. Ещё 29 апреля Синод обратился с «Посланием к архипастырям, пастырям и всем верным чадам Российской Православной Церкви», которое, в частности, возвещало о предстоящем созыве поместного Собора. Вскоре была образована подготовительная комиссия, получившая наименование Предсоборного совета, который должен был определить порядок выборов членов Собора и программу его деятельности. Предсоборный совет 1917 г. открылся 12 июня. За основу подготавливаемых проектов решено было взять материалы Предсоборного присутствия РПЦ 1906 г. и Предсоборного совещания 1912 г. На базе выработанных предложений Предсоборного совета было составлено положение «О созыве Поместного Собора Православной Всероссийской Церкви», изданное 5 июля. 13 июля Предсоборный совет принял проект статей о правовом положении РПЦ, в котором заявлялось, что православие должно занимать первое среди других конфессий и наиболее привилегированное положение в государстве. Будучи независимой от гражданской власти, церковь должна получать государственные субсидии и пользоваться различными преимуществами. Так, глава государства и министр исповеданий должны быть православными, особо чтимые церковью праздничные дни должны стать неприсутственными и т.д. Однако Временное правительство продолжало вести курс на построение внеконфессионального государства. 14 июля принято постановление «О свободе совести», вышедшее из стен Департамента духовных дел иностранных исповеданий МВД. Постановление закрепило и конкретизировало принципы, заложенные в законодательных актах Временного правительства в отношении вероисповеданий.