Обители был отведён обширный лесной участок в 5 десятин. В 1703 г. состоялось освящение монастырского деревянного Смоленского храма, в 1705 г. он был переосвящён в честь Покрова Пресвятой Богородицы, в нём появился Смоленский придел, в 1751 г. храм был отстроен в камне. Активные усилия по упорядочению иноческой жизни в монастыре прилагал первый Воронежский епископ Митрофан (1682–1703 гг.). По его повелению игуменья Ирина завела приходо-расходные книги. Близ Пятницкой церкви в Воронеже была поставлена часовня для сбора пожертвований в пользу обители. После кончины Митрофана воронежский монастырь лишился доходов от переправ и рыбных ловель, у него «по государственному делу» была изъята часть крестьян, он должен был вносить в казну средства на жалованье «ратным людям», на «ямские прогоны» и на выкуп пленных, выплачивать деньги рабочим на верфях. Лишённый большинства вотчинных земель и крестьян в 1764 г., монастырь не был закрыт по ходатайству перед Синодом Воронежского епископа Тихона Задонского. Он стал трёхклассным с 17 насельницами по штату. В 1764 и 1772 гг. в воронежский монастырь были переведены монахини упразднённого усманского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря, 10 апреля 1769 г. – насельницы сгоревшего елецкого Богородицкого монастыря. С 1770 гг. послушниц принимали в воронежский монастырь при условии внесения значительных средств на пропитание и строительство кельи либо её покупку. В конце XVIII в. сверх установленной нормы в монастыре находилось 50 человек. Состоятельные «послушницы» зачастую жили в обители, не принимая пострига, содержали большой штат прислуги, отказывались подчиняться игуменьи. Стремясь искоренить подобную практику, Воронежский епископ Арсений (Москвин) составил для благочинного воронежских монастырей инструкцию, в которой оговаривал права настоятельниц женских монастырей, аналогичную инструкцию разработал 20 января 1820 г. епископ Епифаний (Канивецкий). В 1820 гг. порядок в воронежском монастыре был восстановлен. В 1788–1792 гг. в монастыре был построен каменный летний храм, освящённый в 1799 г. (по другим данным, в 1803 г.) епископом Арсением в честь Преображения Господня, с приделами в честь Покрова Пресвятой Богородицы и Смоленской иконы Божьей Матери. В 1814–1828 гг. храм был расписан, в 1872 г. капитально отремонтирован и освящён Воронежским архиепископом Серафимом (Аретинским). По описанию организатора Воронежского областного музея Юрия Ивановича Успенского (1873–1929 гг.), Преображенская церковь представляла собой «обычный тип барочных, излюбленных Воронежем форм – восьмерика на четверике; но соотношение ширины восьмерика, почти равной нижнему четверику, полукруглый подъёмистый купол, высокие полуциркульные окна восьмерика, наконец, ампирная обработка всех фасадов четверика... указывают на её переходное значение от барокко к ампиру».