Первые заседания проходили в Екатеринодаре (5 июня – 6 июля 1919 г.), затем в Новочеркасске (18–20 июля и 23–24 августа), в Таганроге (7–10 августа). В конце декабря 1919 г. (по некоторым данным, в январе 1920 г.) Управление переместилось в Новороссийск, а оттуда в Севастополь. Однако в своих епархиях остались председатель управления архиепископ Митрофан (Симашкевич), епископ Арсений (Смоленец). Эвакуировавшийся в Крым протоиерей Александр Рождественский из-за болезни участия в работе ВВЦУ ЮВР не принимал. Митрополит Антоний и протоиерей Г.Н. Ломако уехали на Афон. В начале апреля 1920 г. главнокомандующий Русской армией генерал Пётр Николаевич Врангель предложил архиепископу Таврическому и Симферопольскому Димитрию (Абашидзе) ввиду отъезда нескольких членов ВВЦУ ЮВР «озаботиться в ближайшие дни изысканием способов устройства высшей церковной власти». 6 апреля состоялось совещание в составе архиепископа Димитрия, протопресвитера Георгия Шавельского и бывшего Таврического губернатора, члена Поместного Собора РПЦ 1917–1918 гг. графа П.Н. Апраксина, которые решили пригласить в ВВЦУ ЮВР бывшего духовника царской семьи архиепископа Полтавского и Переяславского Феофана (Быстрова), епископа Севастопольского, викария Таврической и Симферопольской епархии Вениамина (Федченкова), протоиерея Сергия Николаевича Булгакова и А.А. Салова. Таким образом, в Крыму ВВЦУ ЮВР существовало в следующем составе: архиепископ Таврический Димитрий (председатель), архиепископ Полтавский Феофан (Быстров), протопресвитер Г. Шавельский, протоиерей С.Н. Булгаков, А.А. Салов. После ухода Г. Шавельского должность управляющего военным и морским духовенством (с титулом «епископ армии и флота») принял 31 марта 1920 г. епископ Севастопольский Вениамин (Федченков). Решением ВВЦУ ЮВР епископу Вениамину поручалось также представительство церкви в правительстве генерала П.Н. Врангеля. Помощником епископа был назначен протоиерей Георгий Спасский. Митрополит Антоний (Храповицкий) после приезда в Крым в конце сентября стал председателем ВВЦУ ЮВР. ВВЦУ ЮВР имело печатный орган – журнал «Церковные ведомости», издававшийся Павлом Владимировичем Верховским. С 1 сентября по 15 декабря 1919 г. было выпущено восемь номеров в Таганроге, с 1 октября 1920 г. издание возобновили в Севастополе, но вышел только один номер, содержавший официальную информацию. Деятельность ВВЦУ ЮВР материально обеспечивалась за счёт отчислений от епархиальных свечных заводов, а также частично за счёт светских властей. Постановления, принятые ВВЦУ ЮВР, касались богослужений, проповедей, учебно-воспитательного процесса в духовных учебных заведениях, приходской жизни, борьбы с большевиками (например, проводились беседы о сущности социализма, члены Управления участвовали в составлении листовок и пропагандистских брошюр, обращались к иностранным державам с просьбой о помощи Белому движению). Для текущей работы было организовано четыре отдела; отдел по устройству прихода возглавил епископ Арсений (Смоленец), отдел учебных заведений – епископ Ермоген (Максимов).